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Alpine shell 在 docker 中找不到文件

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Alpine shell 在 docker 中找不到文件

我已经使用 Alpine 和一个名为 bowtie2 的工具设置了一个简单的 docker 容器。当我尝试运行时bowtie2-align-s，出现此错误：

sh: ./bowtie2-align-s: not found

但是，ls告诉我文件在那里。我从 Linux 二进制发行版安装了 bowtie2。我如何判断该发行版是否与 Alpine Linux 兼容？我在 Ubuntu 16.04 上运行 docker 17.09.0-ce。

以下是完整的 Dockerfile：

FROM alpine:3.6

ENV BOWTIE2_VERSION 2.2.8

RUN apk add --no-cache \
        perl \
        wget \
        openssl \
        ca-certificates \
        strace \
    && wget https://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/$BOWTIE2_VERSION/bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && unzip -d /usr/local bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && rm bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip

我这样测试：

$ sudo docker run -it --rm --security-opt seccomp:unconfined bowtie2-bin sh
/ # /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s --version
sh: /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s: not found
/ # ls -l /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
-rwxr-xr-x    1 root     root      11600541 Nov 15 18:49 /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
/ # strace -v -s 1000 /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s --version
execve("/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s", ["/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s", "--version"], ["HOSTNAME=a72609479c9a", "SHLVL=1", "HOME=/root", "TERM=xterm", "PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin", "BOWTIE2_VERSION=2.2.8", "PWD=/"]) = -1 ENOENT (No such file or directory)
writev(2, [{iov_base="strace: exec: No such file or directory", iov_len=39}, {iov_base="\n", iov_len=1}], 2strace: exec: No such file or directory
) = 40
writev(2, [{iov_base="", iov_len=0}, {iov_base=NULL, iov_len=0}], 2) = 0
getpid()                                = 11
exit_group(1)                           = ?
+++ exited with 1 +++
/ #

我运行 docker 并以不受限制的访问权限允许strace运行。您可以看到ls找到了文件，但sh似乎没有找到。strace似乎没有显示正在访问任何其他文件，那么发生了什么？

答案1

谢谢BMitch 的评论，我找到了答案。我需要libc6-compat兼容 GNU libc 的软件包。这是修复后的 docker 文件的版本：

FROM alpine:3.6

ENV BOWTIE2_VERSION 2.2.8

RUN apk add --no-cache \
        perl \
        wget \
        openssl \
        ca-certificates \
        libc6-compat \
        libstdc++ \
    && wget https://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/$BOWTIE2_VERSION/bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && unzip -d /usr/local bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip \
    && rm bowtie2-$BOWTIE2_VERSION-linux-x86_64.zip

当我从源代码构建 bowtie2 时，我也让它工作了，所以我想我会使用它。我不确定兼容性包有多可靠。

如果您想要了解所有详细信息，我必须安装该file软件包以遵循 BMitch 的建议：

$ sudo docker run --rm -it bowtie2-bin sh
/ # apk update
fetch http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/main/x86_64/APKINDEX.tar.gz
fetch http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/community/x86_64/APKINDEX.tar.gz
v3.6.2-201-g6289c8472a [http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/main]
v3.6.2-203-g6070fe8ac2 [http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/v3.6/community]
OK: 8438 distinct packages available
/ # apk add file
(1/2) Installing libmagic (5.32-r0)
(2/2) Installing file (5.32-r0)
Executing busybox-1.26.2-r7.trigger
OK: 50 MiB in 21 packages
/ # file /usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s
/usr/local/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, interpreter /lib64/ld-linux-x86-64.so.2, for GNU/Linux 2.6.9, with debug_info, not stripped

我觉得这个解释器interpreter /lib64/ld-linux-x86-64.so.2很可疑，而且 Alpine Linux 没有这个/lib64文件夹。搜索了一下，找到了一个相关讨论：

您尝试运行的二进制文件与 GNU libc 链接，因此它将无法工作，就像为 Windows 或 OSX 编译的二进制文件无法工作一样。

也就是说，musl libc 提供了部分 GNU libc 兼容性，这意味着即使没有任何保证，一些二进制文件实际上也会起作用。试试看apk add libc6-compat。它可能有效，也可能无效。

我试了一下，发现我也需要这个libstdc++包。现在它可以正常工作并报告版本号。

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