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将行与匹配的第一列合并

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将行与匹配的第一列合并

我一直在尝试使用 awk 来合并两个文件，当它们具有相同的第一列时。这是我的示例文件：

文件A.txt

A2M    1
A4GALT    11
AAAS    35
AAGAB    7

文件B.txt

A4GALT    2
AAAS    17
AAGAB    7

如您所见，第二个文件缺少A2M.如果我缺少一个条目，那么我希望该条目0在最终输出中读取。就这样：

A2M    1    0
A4GALT    11    2
AAAS    35    17
AAGAB    7    7

我的实验室伙伴建议我使用，awk因为join它对我来说不能正常工作。在一些帮助下，我想出了这个awk命令：

awk -F "\t" 'FNR==NR {h[$1] = $2;next} BEGIN{ OFS = "\t"} {print $0,$2?h[$1]:"0"}' FileB.txt FileA.txt

0但是，当没有匹配项时，我的输出不会输出FileB.txt，而是不打印任何内容。知道出了什么问题吗？

答案1

如果你加入两个文件，这是一个工作join:

join -1 1 -2 1 -a 1 -o 1.1 -o 1.2 -o 2.2 -e "0" FileA.txt FileB.txt

在哪里：

  • -1 1 -2 1定义要连接的字段（在两个文件中都是第一个）
  • -a 1强制join打印不可配对的行FileA.txt
  • -o 1.1 1.2 2.2是输出格式
  • 并-e "0"定义要存储在空字段中的值

输出：

A2M 1 0
A4GALT 11 2
AAAS 35 17
AAGAB 7 7

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