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根据行数选择文件并操作结果

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根据行数选择文件并操作结果

我有大量文件，所有文件都具有相同的格式。

line 1: Gene ID
line 2: chromosomal position
line 3 - x: names of genetic variants)

我只想选择包含至少 5 个变体的文件（即总共至少有 10 行的文件）。如果一个文件至少有 5 个变体，我想将减去前两行的内容写入一个新文件。下面我提供了两个示例输入文件，foo1以及foo2.

foo1：

echo {885743,4:139381:3783883,rs93487,rs82727,rs111} | tr " " "\n" > foo1

富2：

echo {10432,1:3747548:2192993,rs10204,rs262222,rs436363,rs3636,rs9878,rs11856} | tr " " "\n" > foo2

所需的输出文件（在本例中只有 1 个文件，实际上会有多个单独的输出文件）：foo2.checked，如下所示：

rs10204
rs262222
rs436363
rs3636
rs9878
rs11856

答案1

假设名称中没有包含有趣字符的文件

 for file in *
 do
    line=$(wc -l < "$file' )
    if [ $line -ge 10 ]
    then
       tail -n +3 <"$file" > "${file}.checked"
    fi
 done

这基本上计算每个文件中的行数，然后如果超过 10 行，则从第三个文件开始打印所有行。

答案2

 # for each file in the current directory you can refine the ls command to match 
 # only the files you want. or if in a script file pass in the file list 
 for file in *
 do
    # if the file has more than 10 lines.
    if (( $(<"${file}" wc -l) > 10 )); then
       # print line 3 to end of file and pipe it to a file with the same
       # name as the input file with the added .checked at the end.
       sed -n '3,$p' -- "${file}" > "${file}.checked"
    fi
 done

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