☰

sed 用另一个文件的内容编辑标题

tag-icon • tag-icon text-processing sed
sed 用另一个文件的内容编辑标题

我正在尝试根据另一个文件的内容替换文件中的现有标头。

文件 1 - 名称.in：

name1
name2
name3
name4
name5

文件2-数据文件.tsv：

chr  begin  end  genes  genes genes genes  genes

File2包含更多行，但我想将第一行中出现的每个字符串替换genes为 中的连续条目file1，以便标题变为：

chr  begin  end  name1.Corrected  name2.Corrected  name3.Corrected  name4.Corrected name5.Corrected

我尝试了以下脚本：

genenames=$1 
sed -i -e "1s/\tgenes/\t$genenames\.Corrected/g" Datafile.tsv

但是当我像这样运行它时：

./sed.sh names.in

我得到的输出为：

chr  begin  end  .in.Corrected  .in.Corrected  .in.Corrected  .in.Corrected  .in.Corrected

我可以理解该脚本不会从输入中读取。

答案1

尝试

for x in $(<names.in)
do
sed -i -s "s/ genes/ ${x}.Corrected/" Datafile.tsv
done

cat Datafile.tsv

chr  begin  end  name1.Corrected  name2.Corrected name3.Corrected name4.Corrected  name5.Corrected
  • 不要使用/g适用于所有事件的标志（您想一一替换）

  • 替换我' '的'\t'

  • $names.in将扩展为“名称变量的值”（连接到 .in），这可能会扩展为 .in

  • $(< name.in )在命令执行之前读取文件 name.in 并替换为文件内容（行尾变为白色）

更全面的外壳

cat "$1" | while read x
do
sed -i -s "s/ genes/ ${x}.Corrected/" "$2"
done

称为

 myscript.sh names.in  Datafile.tsv

答案2

如果我理解正确，您需要读取名称file1并将每个出现的字符串替换genes为 file1 中的连续条目，但仅限于 file2 的第一行。如果是这样，你可以这样做（假设你从来没有一个字符串genes作为子字符串，例如mygenes）：

while read name
do
    sed -i "1s/genes/$name.Corrected/" file2
done < file1

或者，您也可以简单地连接 file1 的内容并一次性替换所有内容：

names=$(perl -pe 's/\n/.Corrected /' file1)
sed -i "1s/genes .*/$names/" file2

答案3

没有什么比处理文本时的循环while read，但以防万一您想处理您的datafile.tsv 只有一次:

sed 's|\(.*\)|1s/genes/\1.Corrected/|' names.in | sed -f - datafile.tsv

第一个sed变成names.in了sed脚本:

1s/genes/name1.Corrected/
1s/genes/name2.Corrected/
1s/genes/name3.Corrected/
1s/genes/name4.Corrected/
1s/genes/name5.Corrected/

然后由第二个执行sed。
如果你所有的基因列是连续的（就像在示例输入中一样），您也可以运行：

tr \\n \\t <names.in | \
sed -E 's|\t|.Corrected&|g;s|(.*).$|1s/genes.*genes/\1/|' | \
sed -f - datafile.tsv

这与第一个类似，因为最后一个sed执行以下内容sed脚本:

1s/genes.*genes/name1.Corrected name2.Corrected name3.Corrected name4.Corrected name5.Corrected/

请注意，这些不会就地编辑您的文件。为此，请使用sedwith -i（如果支持）或将>输出重定向到例如newfilethenmv newfile datafile.tsv

相关内容