在磁盘之间交换巨大的文件树

Question

我有两个 1TB 磁盘，每个磁盘上都有一个巨大的文件树。每个都占用大约 85% 的磁盘空间。我想在磁盘之间交换/交换树。我唯一的这么大的备用（USB）磁盘几乎已满。一个问题是我必须分出时间来做这件事。如果我有大量空闲空间，我会用来rsync复制文件并在下一个时间段恢复该文件。 如何在磁盘之间交换巨大的文件树。 主机运行 Ubuntu 14.04.3 LTS。操作系统位于其中一张磁盘上。

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交换驱动器不是一个选项，因为我想更改正在交换的数据和操作系统之间的关系。