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如何删除以模式开头的重复行及其后的下一行？

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如何删除以模式开头的重复行及其后的下一行？

我想删除以 开头的重复行>以及之后的下一行。

例如：

>1
ACCGGTTTCCTTGAAATT
>2 
AACCTTCCGGTTAATT
>3 
AACCTTCCGGTTAATT
>1 
ACCGGTTTCCTTGAAATT

正如你所看到的，我有接下来的两行重复的行：

AACCTTCCGGTTAATT and >1

但是我只想删除>1下一行，所以我想要输出如下：

>1
ACCGGTTTCCTTGAAATT
>2
AACCTTCCGGTTAATT
>3
AACCTTCCGGTTAATT

如果我使用类似的东西：

awk '!seen[$0]++'  filename

输出是：

>1
ACCGGTTTCCTTGAAATT
>2
AACCTTCCGGTTAATT
>3

因为它删除了所有重复的行，而我只想删除以 开头的重复行>以及之后的下一行。

我的真实文件大约有几千行，因此我可以在符号后面有几个>可以重复的名称。

有什么建议么？

答案1

您可以getline在 awk 中使用来获取下一行：

awk '/^>/{ if(!seen[$0]++){ print;getline;print } else { getline } }'

有一个更简单的答案也可以处理多行：

awk '/^>/{ skip = seen[$0]++ }
     { if(!skip)print }'

答案2

带有 POSIX 工具箱：

paste - - <file | awk '{$1=$1};!seen[$0]++' | tr '\t' '\n'

答案3

和awk：

awk 'NR%2==1{l=$0;next} !seen[l"\n"$0]++{print l"\n"$0}' file
  • NR%2==1每第二行为真，因此带有>1,>2和 的行>3。在本例中，将该内容保存到变量中l并继续该next行。
  • !seen[l"\n"$0]++在这里我们不检查唯一的行，我们检查2独特的连续线。
    • 如果它们是唯一的，则打印最后一行l和当前行，$0并在它们之间换行\n。

输出：

>1 
ACCGGTTTCCTTGAAATT
>2 
AACCTTCCGGTTAATT
>3 
AACCTTCCGGTTAATT

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