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从子字符串中创建更长的字符串，并在每个字符串之间保留换行符

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从子字符串中创建更长的字符串，并在每个字符串之间保留换行符

我有一个包含字符串的文件，如下所示：

GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAA
GTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTAC
TTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGAT
TTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCT
ATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAA
CAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG      

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGT
TAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGA
GCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAG
AGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCAT
CATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGC
AGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGG
TAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGC
GCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

我想把它作为三个长字符串，仅用空行分隔，即像这样：

  GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG

  TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

  CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

如何在 Unix 下解决这个问题。我尝试使用 awk 和 sed 但无法达到我想要的结果。

答案1

sed -e:t -e'N;/\n$/!s/\n//;$!tt' <in >out

这会将Next 行附加到模式空间中，跟随\n每次迭代插入的 ewline 字符。如果\n换行符不是!模式$空间中的最后一个字符（就像刚刚附加的行是空白一样），则插入的换行符将被s///替换掉。对于!不是最后一个的每个输入行，$我t都会尝试成功替换，如果有必要，则分支回测试:标签以再次拉入Next 行。

结果是：

GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

答案2

$ awk '/./{printf "%s",$0;next} {print "\n";} END{if (/./)print""}' file
GTACGACGGAGTGTTATAAGATGGGAAATCGGATACCAGATGAAATTGTGGATCGGTGCAAAAGTCGGCAGATATCGTTGAAGTCATAGGTGATTATGTTCAATTAAAGAAGCAAGGCCGAAACTACTTTGGACTCTGTCCTTTTCATGGAGAAAGCACACCTTCGTTTTCCGTATCGCCCGACAAACAGATTTTTCATTGCTTTGGCTGCGGAGCGGGCGGCAATGTTTTCTCTTTTTTAAGGCAGATGGAAGGCTATTCTTTTGCCGAGTCGGTTTCTCACCTTGCTGACAAATACCAAATTGATTTTCCAGATGATATAACAGTCCATTCCGGAGCCCGGCCAGAG      

TCTTCTGGAGAACAAAAAATGGCTGAGGCACATGAGCTCCTGAAGAAATTTTACCATCATTTGTTAATAAATACAAAAGAAGGTCAAGAGGCACTGGATTATCTGCTTTCTAGGGGCTTTACGAAAGAGCTGATTAATGAATTTCAGATTGGCTATGCTCTTGATTCTTGGGACTTTATCACGAAA

CCGCTGTATTCTCAGCCAAGCGGTATAGTCTCCGCTGTATTCTCAGCCCCAGCCGTTCCACTCAGAGGAACTTTAAAGGATGTTCCTGTTGAGGGCTCATCATCGTCATCGTCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAACATCAACCGTCGCACCAGCAAATAAGGCAAGAACTGGAGAAGACGCAGAAGGCAGTCAAGATTCTAGTGGTACTGAAGCTTCTGGTAGCCAGGGTTCTGAAGAGGAAGGTAGTGAAGACGATGGCCAAACTAGTGCTGCTTCCCAACCCACTACTCCAGCTCAAAGTGAAGGCGCAACTACCGAAACCATAGAAGCTACTCCAAAAGAAGAATGCGGCACTTCATTTGTAATGTGGT

请注意，预期输出有五行，其中两行为空：

$ awk '/./{printf "%s",$0;next} {print "\n";} END{if (/./)print""}' file | wc -l
5

怎么运行的

  • /./{printf "%s",$0;next}

    如果当前行至少有一个字符，则打印它而不换行。然后，跳过其余命令并跳转到该next行。

  • print "\n";

    如果我们到达这里，我们就处于空线上。打印两个换行符。

  • END{if (/./)print""}

    到达文件末尾后，检查最后一行是否为空。如果它不为空，那么我们打印最后一个换行符。

答案3

Perl 的段落吸读模式可用于此目的。

perl -n -00 -e 's/\n//g; print $_,"\n";' gene.txt

该-00选项告诉 perl 一次读取一段输入而不是一次一行。 “段落”被定义为由空行分隔的文本块。

脚本的其余部分只是从段落的每一行中删除换行符，并将每个段落打印为一个长字符串，末尾有一个换行符。

如果您希望输出也位于“段落”中，请添加额外的“\n”：

 perl -n -00 -e 's/\n//g; print $_,"\n\n";' gene.txt

答案4

perl -p -e 's/\n$//; s/^$/\n\n/;'

从 stdin 或指定的文件读取，写入 stdout。实际用法是：

perl -p -e 's/\n$//; s/^$/\n\n/;' file1 file2 file3 >outfile

如果最后一段之后没有空行，则将忽略在 EOF 处输出换行符。处理起来很容易；之后再做echo >>outfile。

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