我只想比较两个文件中的行数。以下是文件名列表。一个文件包含 fastq 文件的名称/位置;另一个文件包含 bam 文件的名称/位置。
File1(由fastq文件组成)
/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_ATLL2456T1_spleen_R1.fastq.gz
/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_ATLL2456T1_tumor_R1.fastq.gz
/tmp/564105.1.standard.q/FASTQ/Sample_TALL3139T1_1023_R1.fastq.gz
File2(由bam文件组成)
/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_ATLL2456T1_tumor_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam
/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_TALL3139T1_1023_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam
/tmp/564105.1.standard.q/starfusion_dest/Sample_ATLL2456T1_spleen_R1.fastq./Aligned.sortedByCoord.out.bam
代码:
if [ "wc -l $File1" == "wc -l $File2" ] ; then
echo "Bam files from File2 do exist for each sample"
else
echo "Bam files do not exist for every sample"
fi
我的代码中存在一些错误,因为我总是从其他地方得到“Bam 文件不存在”的语句,而 File1 和 File2 中的计数保持不变。