从 2 个不同的文件创建一个 fasta 文件

Question

我有 2 个文件file1.seq和file2.seq.

它们看起来像这样：

file1.seq
ACGGTGTGATG

file2.seq
CGTGATGATGT

我想制作一个 fasta 文件，如下所示：

>file1.seq
ACGGTGTGATG
>file2.seq
CGTGATGATGT

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

用一个简单的 for 循环：

for f in file*.seq; do printf ">%s\n" "$f"; cat -- "$f"; done >newfile

• 该for循环遍历目录中匹配的所有文件file*.seq。
• printfptints 文件名。
• 并cat打印该文件的内容。
• >newfile将所有内容重定向到名为newfile.

或者与awk：

awk 'FNR==1{print ">"FILENAME}1' file*.seq

• FNR==1是文件中当前的记录号
  • print ">"FILENAME打印带有前导的文件名>
• 1在所有其他情况下打印该行。