无法在计算集群上安装 rgdal R 包 - Linux

无法在计算集群上安装 rgdal R 包 - Linux

我正在尝试在我大学的 HPC 上安装 R rgdal 包。我输入了用于其他包的常用命令,这些命令都已正确安装,但“rgdal”却无法安装。

install.packages("rgdal")

输出的错误信息如下:

configure: error: gdal-config not found or not executable

我怀疑发生这种情况的原因是 R 在集群的共享 R 目录中查找 gdal-config,但只允许在个人库中安装包。事实上,当我尝试安装其他包时(它们工作正常,这里我将使用“readr”作为示例),我收到了以下警告:

Warning in install.packages("readr") :
'lib = "/cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (y/n)

我答应了,并且有人问我

Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
to install packages into? (y/n)

确认是后,如前所述,其他软件包已正确安装并正常工作。但是,当尝试安装“rgdal”时,没有警告消息,在其他输出中有

configure: R_HOME: /cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R

因此我认为出于某种原因,“rgdal”正在共享库中寻找 gdal-config,而共享库是不可写的,而不是个人库。由于 gdal-config 不存在,因此安装被中止。

我一直在寻找同样的问题,几乎所有建议的解决方案都需要使用 sudo,但我没有这样做的权限。所以,我想我正在寻找一种方法来告诉“rgdal”在个人库而不是共享库中执行所有操作。

你知道怎样做吗?

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