我正在尝试使用 R 工具,其中 RMySQL 是正在使用的包之一。我在 ubuntu 上使用公司代理进行此操作,但连续三天出现以下问题。
.local(drv, ...) 中的错误:无法连接到数据库:错误:无法连接到“locuscompare-us-west-2a.xxxxxxxxxxxx.us-west-2.rds.amazonaws.com”上的 MySQL 服务器(111)警告消息:在 rm(config)中:未找到对象“config”
以下是上述 R 工具的源代码。
get_position=function(x, genome = c('hg19','hg38')){
data(config)
on.exit(rm(config))
conn = RMySQL::dbConnect(RMySQL::MySQL(),"locuscompare",config$b,config$c,config$a)
on.exit(RMySQL::dbDisconnect(conn))
stopifnot('rsid' %in% colnames(x))
genome = match.arg(genome)
cmd = sprintf("select rsid, chr, pos from tkg_p3v5a_%s where rsid in ('%s')",genome,paste0(x$rsid,collapse="','"))
res = DBI::dbGetQuery(conn = conn, statement = cmd)
y=merge(x,res,by='rsid')
return(y)}
我已经尝试了 stack overflow 中回答的一些解决方案,例如安装 MySQL、分配用户权限、在配置文件中编辑绑定地址,但仍然不起作用。
我最初以为是设备上缺少 MySQL 服务器和 AWS 账户以及源代码中存在一些问题。但是,当我在 Mac 上使用家用 Wi-Fi 时,它运行良好,无需安装 MySQL 服务器和创建 AWS 账户。显然,这可能是代理问题。由于输入数据隐私问题,我仍然需要在工作电脑上使用它。
这是否意味着我需要创建一个 AWS 帐户并调整其中的网络设置才能通过此 URL“locuscompare-us-west-2a.cvocub39nnri.us-west-2.rds.amazonaws.com”访问 MySQL 服务器?(抱歉,我对 AWS 和 MySQL 还很陌生。)
如果您能告诉我如何连接到公司代理后面的远程 MySQL 服务器,我将不胜感激。