我安装了预先构建的 Amazon Machine Image 和 Rstudio Server,由生物导体到 EC2 上的免费微型实例。
然后我安装了JAGS(又一个吉布斯采样器通过 rstudio 服务器使用它。
为此,我只是使用了 Rstudio 服务器 shell sudo apt-get install jags
,据我所知,它运行良好(如果我再次运行它,它会告诉我 JAGS 是最新的)。
biocLite("rjags")
但是,当我尝试通过或安装包“rjags”(Rstudio 和 JAGS 之间的接口)时install.packages("rjags")
,安装失败并显示错误消息
checking for jags_version in -ljags... yes
configure: error: "JAGS module directory /usr/lib64/JAGS/modules-3 does not exist."
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
* removing ‘/home/ubuntu/R/library/rjags’
Warning in install.packages :
installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status
我检查了 lib64,确实只有目录“jags”,其内容是“jags-terminal”。
我将不胜感激任何指点,我想很明显,由于出色的教程,我已经能够做一些超出我理解范围的事情。
答案1
当我放弃的时候,我发现答案。
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base-dev jags r-cran-rjags
随后,biocLite("rjags")
效果很好。不过正如帖子告诉我的那样,JAGS 无论如何都会很快耗尽一个微实例,所以我不再尝试 Dirk Eddelbuettel 评论中的方法了。