有哪些生物信息学和计算生物学工具可用?

有哪些生物信息学和计算生物学工具可用?

今天,我被要求寻找 Ubuntu 的科学版。他们实际上是在寻找执行 DNA 序列分析、蛋白质验证、估算和许多生物学相关任务的工具。

第一的:

  1. 是否有科学、生物导向的 Ubuntu 版本

  2. 是否有工具可以进行上述提到的科学分析。

答案1

我对各种基于 Debian、RHEL 和虚拟机的操作系统以及用于计算生物学和生物信息学的研究工具进行了 Google 搜索。下面总结了一些值得注意的内容:

Debian 医学:一种特别适合医疗实践和生物医学研究要求的 Debian 操作系统。

DNALinux:是预装了生物信息学软件的虚拟机。

比诺比克斯:是 Knoppix Linux Live CD 的定制发行版。它附带了针对分子生物学家的应用程序。除了使用一些 RAM 外,Bioknoppix 不会触及主机(因为它是 Live-CD),非常适合演示、分子生物学学生、研讨会等。

维吉安: (“Vigyaan”在印度语中意为“科学”。但这不是我太喜欢的科学 Linux)。Vigyaan 是一个用于生物信息学、计算生物学和计算化学的电子工作台。它旨在满足初学者和专家的需求。VigyaanCD 是一个实时 Linux CD,其中包含启动计算机所需的所有软件,以及随时可用的建模软件。VigyaanCD v1.0 基于 KNOPPIX v3.7。

虚拟Linux:是面向生物信息学学生和研究人员的 Linux 发行版和设备。它基于 OpenSUSE,并使用 Novell 的 Suse Studio 构建。

生物素酶:是新加坡国立大学 (NUS) 生物信息学中心 (BIC) 资源团队发布的一套新的生物信息学工具实时 CD/DVD 套件。该 CD/DVD 可从任何 PC 启动,运行压缩的 SLACKWARE 版本的 LINUX 操作系统(也称为 SLAX)。

Bio-Linux 6.0:是一款功能齐全、功能强大、可配置且易于维护的生物信息学工作站。Bio-Linux 在 Ubuntu Linux 10.04 基础上提供 500 多个生物信息学程序。它有一个用于生物信息学程序的图形菜单,以及对 Bio-Linux 生物信息学文档系统和用于测试程序的样本数据的轻松访问。您还可以安装 Bio-Linux 软件包来处理新一代序列数据类型。


作为生物信息学家,我的意见是下载并运行任何适合你的 Linux 版本。几乎所有版本都可以免费下载和使用。在我的研究工作中,我使用 Ubuntu 和 CentOS。我将分享我的经验。

CentOS:如果你在安装过程中安装了所有库,那么以后就不会遇到太多问题。我使用了 Molecular Dynamics 包琥珀色戴斯蒙德它可以正常运行,不会造成太大问题。

乌本图:由于它没有预装许多库,因此您必须知道在哪里可以找到有关在其上运行软件的信息。然而,由于Ubuntu 在研究人员中非常受欢迎,我认为没有理由不尝试一下。如果您在安装或运行软件时遇到任何困难,您可以在与该特定软件相关的特定邮件列表中发布问题。 在 Ubuntu 软件中心程序中吡啶醇自动对接联合普罗UGEN等等。Gromacs 更早之前就可用了(我在 12.04 中没有找到它)。

我强烈建议你花点时间在 Ubuntu 上安装所有有用的软件,然后使用重製機械复制您的操作系统并将其放置在您想要的任意数量的台式机和工作站上。

就我个人而言,我认为针对生物学和化学研究受众的专用 Linux 操作系统具有巨大的发展前景。

希望能帮助到你。

答案2

生物Linux是一个基于Ubuntu的生物信息学工作站。

除此之外,Ubuntu 上还有大量面向生物学的程序/工具,列举并详细说明这里

答案3

据我所知,目前还没有用于此目的的专门发行版。

(存在一个分布叫做科学Linux,它基于 RedHat/Centos,但主要针对高能物理学的需求而开发(并且不具备普通 Ubuntu 所缺乏的任何一般功能)。)

有一个生物学类别(在科学/工程下),其中包含一系列软件包,尽管使用 ubuntu 打包的专门科学应用程序的数量相对较少(并且我预计您可能看到的其他发行版也是如此)。科学+工程/生物列出了一些但似乎不是最新的。

尽管如此,许多科学工具虽然不在官方存储库中,但提供了与 ubuntu 兼容的 (.deb) 软件包供您下载(例如库SBML)或通用 Linux 二进制文件(例如科帕西),或者是平台无关的(用 Java、Python 等编写),因此应该可以在 Ubuntu 上顺利运行(例如图像)。

我使用 Ubuntu 进行计算生物学工作,尽管这主要涉及使用通用工具(例如 R、python)而不是专门的应用程序。

答案4

我看到有几种 Ubuntu Science remix 可用,但它们似乎都已消失。许多 Ubuntu remix 似乎都是这样,因为很多时候它们除了自动安装一些应用程序之外,并没有提供太多功能,因此它们无法获得开发人员维持其正常运行所需的临界质量。

我的建议是使用可靠的基于科学的发行版,例如科学Linux,这是费米实验室、CERN 等使用(和开发)的版本。这是一个短期内不会消失的发行版,并且得到了科学界的大力支持。不幸的是,它基于 Red Hat,因此可能不能完全满足您的需求。

如果您需要使用 Ubuntu,那么存储库中有几个科学应用程序可用,只需启动 Ubuntu 软件中心并浏览“科学与工程”->“生物学”。我不确定这些程序是否有用,因为这超出了我的专业知识范围。如果它们足够用,您可以设置一个快速 bash 脚本,在设置新机器时安装它们。

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