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如果文件存在则跳过进程的命令

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如果文件存在则跳过进程的命令

我一直在使用 for 循环来运行多个文件的管道，但不幸的是终端中途冻结了。我想再次运行管道，但由于时间原因，我想跳过已创建输出文件的目录。基本上嵌套一个 if 语句 - 如果文件输出文件存在，如果不运行管道则忽略。这可能吗？

for f in /Volumes/My\ Passport/Documents/Projects/untitled\ folder\ 2/untitled\ folder\ 3/untitled\ folder\ 2/untitled\ folder/*/*_1.fastq; do
subdir="${f%/*}"
pushd "$subdir" &>/dev/null
file1="${f##*/}"
file2="${file1%_1.fastq}_2.fastq"
adapter="/Volumes/My\ Passport/Documents/adapters.fa"
reference="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/ucsc.hg19.fasta"
dbSNP="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/dbsnp_138.hg19"
COSMIC="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/CosmicCodingMuts.vcf"
interval="/Volumes/My\ Passport/Documents/plist.bed"
sjdb="/Volumes/My\ Passport/Documents/ucsc_hg19/ucsc.hg19.gtf"
file3="${file1%_1.fastq}_1_trimmed.fastq"
file4="${file2%_2.fastq}_2_trimmed.fastq"

#preQC (cutadapt -O subtracted, prinseq -min_qual_score 4 -ns_max_p 2 subtracted)
~/Desktop/UTSW/Applications/bbmap/bbduk.sh -Xmx120g in1="${file1}" in2="${file2}" out1="${file1%_1.fastq}_1_trimmed.fastq" out2="${file2%_2.fastq}_2_trimmed.fastq" ref="${adapter}" trimq=10

paste - - - - < "${file3}" | sort -k1,1 -t " " | tr "\t" "\n" > "${file3%_1_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_1.fastq"
paste - - - - < "${file4}" | sort -k1,1 -t " " | tr "\t" "\n" > "${file4%_2_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_2.fastq"

parallel -j $PARALLEL_TASKS perl ~/UTSW/Applications/prinseq-lite-0.20.4/prinseq-lite.pl -fastq "${file3%_1_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_1.fastq" -fastq2 "${file4%_2_trimmed.fastq}_trimmed_sorted_2.fastq" -no_qual_header -trim_right 1 -custom_params "A 75%;T 75%;G 75%;C 75%" min_qual_mean 25 -min_len 40 -out_format 3 -out_good "${f%.*}_QC" -out_bad null -log

done

答案1

我不确定建议在哪里进行测试，但是[shell 命令和[[bash 内置命令都有可以这样使用的测试：

for f in ...
do
    if [[ ! -e "$f" ]]
    then
        # do work here because file $f does not exist
    fi
done

这只是一个例子，我不确定你的循环体做了什么工作，所以也许测试应该去循环体的其他地方。

答案2

一般来说，测试是否可以打开文件（无论是用于输入还是输出）的最佳方法就是尝试打开它。

更具体地说，对于输出，如果您只想打开一个文件进行输出，如果这样做会创建一个新的文件，POSIX shell 提供无损坏shell 选项可通过 进行配置set，因此您可以在继续之前使用它来测试输出是否存在。

尝试理解当前的脚本有点困难，但也许可以考虑：

set -C -- '/Volumes/My Passport/Documents/Projects/untitled folder 2/untitled folder 3/untitled folder 2/untitled folder/'*/*_1.fastq
[ -e "$1" ] &&
for f
do    if    cd -- "${f%/*}" &&
            f=${f##*/} f=${f%1*}
      then  if    command exec \
                      3> "$f"1_trimmed.fastq \
                      4> "$f"2_trimmed.fastq \
                      5> "$f"_trimmed_sorted_1.fastq \
                      6> "$f"_trimmed_sorted_2.fastq
            then  ~/Desktop/UTSW/Applications/bbmap/bbduk.sh -Xmx120g in1="$f"1.fastq in2="$f"2.fastq out1=/dev/fd/3 out2=/dev/fd/4 ref="${adapter}" trimq=10 &&
                  paste - - - - < "$f"1_trimmed.fastq | sort ... | tr >&5 ... &&
                  paste - - - - < "$f"2_trimmed.fastq | sort ... | tr >&6 ... 
            fi
       fi
 done

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