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bash 脚本 - “Rscript：找不到命令”错误

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bash 脚本 - “Rscript：找不到命令”错误

我尝试在 Linux 中运行以下 bash 脚本，但收到一条错误消息line 31: Rscript: command not found：如果我哪里错了，你能给我建议吗？

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N garunsmodel
#PBS -l mem=10g
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -A improvingherds
#PBS -m ae


nodeDir=`mktemp -d /tmp/phuong.XXXXX`

cp -r /group/dairy/phuongho/garuns $nodeDir

cd $nodeDir

cd garuns
module load gcc vle // this is to load vle platform
rm -rf out
mkdir out

#In garuns.vpz. The output file path has to be changed.
#to an absolute path that's available on the node the script is running.

XXX=`pwd`
sed -i "s|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|" exp/garuns.vpz
Rscript  R/repetability.R

DATE=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
mkdir "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

cp -r out  "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

当我尝试手动访问然后tmp/phuong.XXXXX/garuns运行 ​​R 时，它工作得很好。

答案1

如果 R 已经安装，PATH变量可能会选择错误RScript？检查与which RScript

在这种情况下尝试 export PATH=/path/to/alternate/r/bin:$PATH 或尝试通过在引用时给出绝对路径来进行暴力破解RScript，例如 ~/R-3.2.5_patched/bin/RScript/R/repetability.R

答案2

你需要安装R

以 Ubuntu 为例：

sudo apt-get install r-base-core

然后该Rscript命令将在命令行中被识别。

我这样做了，它起作用了，但请注意，安装非常庞大，安装了数百个依赖项。安装花了几分钟。

答案3

这看起来像是通过 SLURM 之类的工具提交到计算集群的脚本。您应该与系统管理员联系，询问集群上是否安装了 R，如果安装了，如何在脚本中启用对它的访问。

在我有权访问的集群上，某些软件需要使用module load somesoftware/version命令加载，该命令会更新/设置运行软件所需的环境变量。

答案4

我收到了相同的错误消息，但原因不同。将其发布在这里，因为人们也会像我一样登陆这里。

检查您的第一行是#!/bin/bash（这不是您的问题）而不是#!/bin/sh，否则某些命令将module load <>无法运行。

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