我是 Ubuntu 新手，我刚刚在专用机器上安装了 13.04。
我想更新到最新版本的科学软件，即 Bowtie、Tophat 和 Samtools，但我不知道该怎么做，因为软件中心没有提供较新的版本。顺便说一下，这些软件都是命令行。
我将以 Bowtie 为例。我从 Ubuntu 软件中心安装了它，但它是一个旧版本。因此，我从开发人员的网站下载了最新版本，并将预编译包解压到我的主目录中。软件中心将旧版本安装在 /usr/bin/ 中，并将一些文件安装在其他位置，如 /usr/share/doc/ 和 /usr/share/man/man1/。我的理解是，将二进制文件放在 /usr/bin/ 中可使其可供所有用户使用，并允许从命令行调用它而无需输入完整路径。那么，要更新软件，我是否要用较新的版本覆盖 usr/bin/ 中的二进制文件和其他地方的其他文件？这对我来说似乎很尴尬。我怀疑一定有一些 Linux 命令可以实现此目标，但我找不到它。
感谢大家的帮助。
答案1
你可以像这样更新 Ubuntu 系统上的所有软件：
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
或者
sudo apt-get install bowtie
您可以使用安装，它将检查最新版本。
我希望这有帮助
答案2
您永远不应该覆盖文件/usr- 它们由 Ubuntu 包管理器管理，并且在 Ubuntu 背后手动修改文件会导致问题（例如，当包的更新版本出现在存储库中时，Ubuntu 将覆盖您的更改）。
正如 Bruno Pereira 所说，安装每个应用程序的方式可能不同，但是有几个常见的位置：
- 您可以安装自定义应用程序
/usr/local /opt您可以将应用程序安装在-的子目录中，/opt/bowtie然后将后者的目录添加到 PATH- 如果你只需要一个用户使用该应用程序，则可以将其保存在你的主目录中 - 如果你
bin在主目录中创建一个名为的目录，并将指向该应用程序二进制文件的符号链接放在那里，那么只需在终端中输入应用程序名称即可运行该应用程序
（您可能还想确保完全删除 Ubuntu 提供的应用程序版本，以尽量减少意外运行错误版本的机会）