☰

将文件路径添加到 Python 代码

tag-icon • tag-icon python python-2.7
将文件路径添加到 Python 代码

我目前正在运行一个名为热网。

在其简单运行.py文件中，有一个地方可以插入要运行的文件路径。

parser.add_argument('-mf', '--infmat_file', required=True,
                    help='Path to .mat file containing influence matrix')

我的路径文件是/home/lai/Downloads/influence_matrix_files/hprd_inf_.mat；并且我尝试将其添加如下：

parser.add_argument('-mf', '--infmat_file', required=True,
                    help= /home/lai/Downloads/influence_matrix_file/hprd_inf_.mat)

但是SyntaxError运行代码时我得到了：

File "simpleRun.py", line 29
    help= ~/home/lai/Downloads/influence_matrix_files/hprd_inf_.mat)
           ^
SyntaxError: invalid syntax

我也尝试将路径放在引号中（作为字符串' '），但没有得到处理。

我尝试删除/但它只返回以下错误：

NameError: global name 'home' is not defined

我该如何解决？

答案1

您无需编辑 py 文件，只需调用简单运行.py使用以下论点：

python simpleRun.py -mf /home/lai/Downloads/influence_matrix_file/hprd_inf_.mat

或者

python simpleRun.py --infmat_file=/home/lai/Downloads/influence_matrix_file/hprd_inf_.mat

答案2

@cyberbills 的回答完全正确，但我想补充一些解释。

您不需要编辑 simpleRun.py 来添加您的路径 —— 它已经被定义了，并且当您从命令行实际运行 simpleRun.py 脚本时，“help”参数会为您提供帮助。

换句话说，这个help论点并不抓住路径，但给出使用帮助使用-mf标志。

当您将 simpleRun.py 与“mf”一起使用时，您将以 的形式运行它simpleRun.py -mf <file.mat>。

chmod +x（注意：如果您想通过键入来运行它，请在 simpleRun.py 上执行./simpleRun.py。否则python ./simpleRun.py按照 cyberbill 指示使用）。

simpleRun.py 中的所有解析器参数都以这种方式工作。help参数中的文本字段是命令行反馈。

--help您可以通过向命令提供标志来查看它：

$python simpleRun.py --help
usage: simpleRun.py [-h] [-r RUNNAME] -mf INFMAT_FILE -if INFMAT_INDEX_FILE
                    -hf HEAT_FILE [-ms MIN_HEAT_SCORE] [-ccs MIN_CC_SIZE] -pnp
                    PERMUTED_NETWORKS_PATH [-n NUM_PERMUTATIONS]
                    [-o OUTPUT_DIRECTORY] [--parallel] [--no-parallel]
                    [-ef EDGE_FILE] [-nn NETWORK_NAME]

Helper script for simple runs of generalized HotNet2, including automated
parameter selection.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -r RUNNAME, --runname RUNNAME
                        Name of run / disease.
  -mf INFMAT_FILE, --infmat_file INFMAT_FILE
                        Path to .mat file containing influence matrix

答案3

~/与 相同/home/lai，因此您需要使用~/Downloads或/home/lai/Downloads。

相关内容