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与安装 RSeQC 相关的错误

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与安装 RSeQC 相关的错误

我已经安装了 Python 2.7.6，但是在使用命令运行 Python 脚本（RSeQC 脚本）时：

$ python script.py

我收到错误：

ImportError: No module named qcmodule

或者

ImportError: No module named bx.bitset.

我需要安装哪些先决条件？

答案1

我相信你可能需要：

第一的，

sudo pip2 install qc bitsets RSeQC

下一个，

sudo pip2 install --upgrade cython bx-python pysam RSeQC numpy

或者，

重新安装 RSeQC：

sudo apt-get install libpython2.7-dev
wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/rseqc/RSeQC-2.6.4.tar.gz'
tar zxvf RSeQC-2.6.4.tar.gz
RSeQC-2.6.4
python ./setup.py build
sudo python ./setup.py install

这应该会构建所需的模块。如果错误仍然存​​在，请为模块的正确路径设置环境变量。

答案2

尝试这些命令：

sudo pip install -U qcmodule
sudo pip install -U bx.bitset

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