☰

OSError：[Errno 2] juuncBASE 中没有该文件或目录

tag-icon • tag-icon command-line python-2.7
OSError：[Errno 2] juuncBASE 中没有该文件或目录

我是 python 新手，我想通过 juuncBase 进行替代剪接发现，但是在 juuncBase 手册的第一步我出现了一个错误：

sabah@sabah-virtual-machine:~/juncBase/juncBASE_v0.6 $ python2.7 runCufflinks.py -i IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt --txt_ref UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf --out_dir /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out --num_processes 2
cufflinks -o /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out/kidney_cufflinks -g UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf -u kidney.bam
Traceback (most recent call last):
  File "runCufflinks.py", line 242, in <module>
    if __name__ == "__main__": main()
  File "runCufflinks.py", line 201, in main
    Popen(cmd, shell=True, executable=SHELL)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

你能帮助我吗？当我输入时python2.7 runCufflinks.py，会显示此命令的参数。

答案1

Python 找不到提到的文件。查看源代码和手册，其中提到了这一点：

您可能需要修改此文件 [IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt] 以指定 bam 文件的完整路径

因此，在你的情况下，你可能没有下载测试文件或需要编辑IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt看起来像这样：

kidney  /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/kidney.bam
breast  /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/breast.bam
adrenal /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/adrenal.bam
colon   /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/colon.bam
lung    /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/lung.bam
liver   /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/liver.bam

相关内容