用于在集群上提交作业的 PBS 代码

Question

我正在尝试编写代码来在集群上提交作业，并使用别人以前的代码作为模板；有没有办法有人可以向我一步步解释每一行？我想我理解了节点和墙时间，因为我看过一些教程，但我在理解最后 3 行时遇到了困难。

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l walltime=96:00:00
#PBS -q python
cd $PBS_O_WORKDIR
perl cal_gerp_crmcre.pl GERP++ CRM_NCR.data  >CRECRM_NCR.gp

Answer 1

第一个是您的脚本使用的 shell。

以开头的行#PBS被传递到qsub命令。前两个 ( -l) 指定资源限制，并-q指定作业的目的地（队列、服务器或服务器上的队列的名称）。这看起来像一个名为 的队列python。

最后两行是脚本本身。一种是将工作目录更改为命令的当前工作目录qsub（从哪里提交作业？）。最后是运行 perl 脚本cal_gerp_crmcre.pl，将其输出存储到CRECRM_NCR.gp.

我希望它对于概述是有意义的。我使用的所有信息都可以在手册页中找到qsub，您还可以在其中找到更多示例和选项。