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如何在 ubuntu 19.10 中安装 topspin 4.08

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如何在 ubuntu 19.10 中安装 topspin 4.08

有人能告诉我如何在 ubuntu 19.10 中安装 topspin 4.08 吗？我目前遇到以下错误：

NOTE: using DISPLAY=:0.0
NOTE: using TCL_LIBRARY=/tmp/selfgz27981/linux/tcl-8.6.9/lib/tcl8.6
NOTE: using TK_LIBRARY=/tmp/selfgz27981/linux/tk-8.6.9/lib/tk8.6
NOTE: running /tmp/selfgz27981/linux/tk-8.6.9/bin/wish8.6 -f /tmp/selfgz27981/xwinstall.d/swim/lib/xwinstall.tcl --
No protocol specified
No protocol specified
application-specific initialization failed: couldn't connect to display ":0.0"
NOTE: initial log file: /tmp/install.log
  ***  Fatal error  ***  

No display
Current display is set to :0.0
Change the environment variable DISPLAY or restart this program as
/tmp/selfgz27981/install --display HOSTNAME:0
(with the appropriate hostname)

Exiting ...

Details:
Current display is set to :0.0
Change the environment variable DISPLAY or restart this program as
/tmp/selfgz27981/install --display HOSTNAME:0
(with the appropriate hostname)

Exiting ...
    while executing
"::rootwin::checkTkPresent"
    (procedure "::rootwin::init" line 2)
    invoked from within
"::rootwin::init"
    (procedure "MainProgram" line 13)
    invoked from within
"MainProgram"

auto_path = /tmp/selfgz27981/linux/tcl-8.6.9/lib/tcl8.6 | /tmp/selfgz27981/linux/tcl-8.6.9/lib | /tmp/selfgz27981/linux/tk-8.6.9/lib | /usr/local64/tcl-8.6.9/lib
The previous message has also been saved to /tmp/install.log

答案1

我恰好有一个博客，专门介绍如何让 Bruker Topspin 在 Ubuntu 上运行，我刚刚发表了一篇博客文章，应该可以解决您的问题。请参阅： https://selkieupsilon.blogspot.com/2020/06/installing-bruker-topspin-4-on-ubuntu.html （我在查看“Ubuntu + Topspin”的热门搜索结果时偶然发现了您的问题）

建议：如果你打算使用计算机进行大量的 NMR 处理和分析/研究/科学工作，我强烈建议你升级到 20.04 长期支持长期支持服务版本为诺伯特在评论中建议。与中间版本相比，LTS 的支持周期与生产机器所需的稳定性更加兼容。使用 LTS 意味着您可以在稳定的环境中继续工作，而无需升级到下一个版本，至少 5 年；中间版本需要您在发布日期后约 9 个月内升级，部分工作流程可能会破坏每次更新。如果您是 Ubuntu 新手，请注意并非每个版本都是 LTS。我只在工作电脑上使用 LTS 版本，这就是我在博客文章中只介绍 LTS 版本的主要原因。

我无法保证下面的其余命令在 19.10 中也能正常工作，因为我没有测试过 19.10。因此，我强烈建议您先升级到 20.04，然后再尝试安装。

回答你的具体问题，你运行的命令（我假设以 root 身份运行）不起作用，因为 root 不能以与 18.04 中相同的方式运行图形应用程序。我没有对原因进行全面故障排除，但我怀疑这可能与从 19.10 开始，$HOME 的处理方式有所不同。

不幸的是，（专有的）Topspin 安装程序是图形化的。因此，您需要使用 PolicyKit 方法以提升的权限/以 root 身份运行图形安装程序（PolicyKit 方法取自此博客文章）。

# pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY topspin-4-0-8-linux.sh

需要注意的是，即使执行上述操作并运行安装，它也不会立即起作用，因为 Topspin 需要另一个（专有）许可证管理器，名为Codemeter 运行时并且 DEB 版本不与 Topspin 安装程序捆绑在一起。

不幸的是，在 20.04 下安装 Codemeter Runtime 包也并不简单（我怀疑 19.10 也是如此）。我已经在我的博客上介绍了如何安装它。但简而言之，您需要安装该equivs包来生成一个虚拟multiarch-support包，我修改了以下说明：这篇博文。

如果您在 20.04 下重试安装时遇到更多问题，我很乐意帮助您解决问题。

答案2

我在 Fedora 机器上尝试安装 TopSpin 4.1.1 时遇到了同样的问题。由于以pkexec非 root 身份运行对我来说不起作用，我决定在生成的 shell 中以 root 身份运行它：

# extract to get access to the installation script
bash topspin-4.1.1.2-linux.sh --keep --noexec
    
# actual installation
local flags="--nmradminpw topspin --setup-type po --gcc-off --auto"
sudo -- su -l -c "cd $PWD; topspin/install --nmrsu $(whoami) $flags"
    
# cleanup
rm -r ./topspin

# put a topspin command into our path (linking doesn't work!)
cat <<-EOF | sudo tee /usr/local/bin/topspin > /dev/null
    #!/usr/bin/env bash
    gnome-terminal -- /opt/topspin4.1.1/prog/bin/topspin
EOF
sudo chmod 755 /usr/local/bin/topspin

运行不带前导的 install 命令sudo --将失败。但是，这会自动提取 TS、安装它并生成包装器脚本，以便可以通过键入 来启动它topspin。无需污染我的PATH。

答案3

如果没有pkexec，如果我在 root 下进行安装，它就可以为我工作，也就是说，首先打开终端并输入：

sudo su -

进而：

sh topspin-4.0.9-linux.sh

答案4

我遇到了同样的问题！这个问题的原因是用户“root”无法在此模式下连接 GUI。启用用户“root”，然后使用用户“root”登录 ubuntu GUI。然后您可以正常安装 topspin(sh topspin-4.0.9-linux.sh)。

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