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将csv表的所有列与从另一个表中提取的常数相乘

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将csv表的所有列与从另一个表中提取的常数相乘

我有 20 个文件，文件名如下：ERR260136.genefamilies.csv、ERR276187.genefamilies.csv 等。每个文件都必须乘以一个常数。相应的常数必须从 .csv 文件中获取：read_count.csv。The read_count.csv文件如下：

SampleID Read_counts
ERR260136 25636740
ERR260140 19166076
ERR260145 28011856
ERR260147 27916650
ERR260148 21871928
ERR260150 30130062
ERR260152 17949808

因此，ERR260136.genefamilies.csv 必须乘以 25636740，ERR260140.genefamilies.csv 必须乘以 19166076，依此类推……

需要相乘的 20 个文件的格式如下：

# Gene Family   ERR260136_Abundance-RPKs
UNMAPPED    0.445035
UniRef90_A0A015P9C8 0.00080211
UniRef90_A0A015P9C8|g__Bacteroides.s__Bacteroides_fragilis  0.00080211
UniRef90_A5ZYU5 0.000787149
UniRef90_A5ZYU5|g__Blautia.s__Blautia_obeum 0.000787149
UniRef90_A0A0E1X896 0.000573095
UniRef90_A0A0E1X896|g__Blautia.s__Blautia_obeum 0.000573095

我该怎么做？有人可以帮忙吗？

答案1

你可以做这样的事情

while read -r sampleID read_count; do 
  # skip header line
  [ "$sampleID" = "SampleID" ] && continue

  awk -v read_count="${read_count}" 'FNR>1 {$2 *= read_count} 1' "${sampleID}.genefamilies.csv"

done < read_count.csv

显然，这是非常基础的——您可能希望为未找到的文件、非数字值等添加一些错误处理。

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