我目前正在尝试编写一个 bash 脚本，使用 T1 加权 MRI 作为参考，自动将 PET 图像注册到标准空间 (MNI152)。我使用 MNI152 上的函数示例https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FNIRT/UserGuide#Example_uses。赌注和 2 次调情有效，但当我尝试 FNIRT 时，它给了我图像异常 #22 和 #63，即“没有匹配的图像文件”和“无法读取卷”。我使用这个命令行进行 FNIRT：
fnirt --in=/home/mrstats/maxjoo/Dataset_fsl/ADNI/${subjid}/MPRAGE/*/*/${subjid}_MPRAGE_crop_brain.nii.gz --aff=affine_${subjid}.mat --cout=${subjid}_nonlinear_transf_1mm --ref=/opt/fsl/6.0.3/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz
这里的问题是使用“--in=”命令中的 * 来选择该目录中的所有文件夹。当我输入文件夹名称本身时，它不会出现这些错误，但是为了能够注册我的整个数据集，其中现在引用为 * 的文件夹具有不同的名称，我需要找到一种方法让脚本以相同的方式选择每个文件夹。我认为 * 在这里是合适的，但不幸的是它并不合适。
有人知道我可以在这里做什么或者我可以用什么替换*才能使脚本真正起作用吗？