我尝试按以下方式使用并行命令：
cat asm.contig.fasta | parallel -k --block 1k --recstart '>' --pipe 'blat -t=dnax -q=prot - ../swissprot.fasta out{#}.psl -noHead'
但不幸的是我收到了这个错误：
mustOpen: Can't open - to read: No such file or directory
我做错了什么？
答案1
该错误不是来自 GNU Parallel，因此它来自blat.我已经多年没有使用过blat，所以我不能 100% 确定以下内容。
我的猜测是，您不能使用 use-来表示blat.
挠痒痒的方法有好几种blat。在许多系统上使用/dev/stdin它将标准输入作为先进先出：
cat asm.contig.fasta | parallel -k --block 1k --recstart '>' --pipe 'blat -t=dnax -q=prot /dev/stdin ../swissprot.fasta out{#}.psl -noHead'
使用--fifo它将创建一个 fifo/命名管道，它将在所有支持的系统上将标准输入作为 fifo。命令完成后，fifo 将被删除：
cat asm.contig.fasta | parallel --fifo -k --block 1k --recstart '>' --pipe 'blat -t=dnax -q=prot {} ../swissprot.fasta out{#}.psl -noHead'
使用--cat它将创建一个包含 1k 数据块的常规文件。命令完成后，文件将被删除。
cat asm.contig.fasta | parallel --cat -k --block 1k --recstart '>' --pipe 'blat -t=dnax -q=prot {} ../swissprot.fasta out{#}.psl -noHead'
--cat通常是最慢的（预计--block 1k每个作业会多花 1 毫秒），但几乎可以保证可以工作。
让我们知道哪一个有效。