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使用预取时出现 SRA 工具包错误

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使用预取时出现 SRA 工具包错误

我使用以下命令安装了 SRA 工具包：

cd ~/Downloads

wget http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/n/ncbi-vdb/libncbi-vdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb 
wget http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/n/ncbi-vdb/libncbi-wvdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb 
wget http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/s/sra-sdk/sra-toolkit_2.9.3+dfsg-1build2_amd64.deb

sudo apt-get install ./libncbi-vdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb 
sudo apt-get install ./libncbi-wvdb2_2.9.3+dfsg-2_amd64.deb

cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/preferences.d/pin-sra-libs 
Package: libncbi-vdb2 
Pin: version 2.9.3+dfsg-2 
Pin-Priority: 1337

Package: libncbi-wvdb2 
Pin: version 2.9.3+dfsg-2 
Pin-Priority: 1337 
EOF

sudo apt-get install ./sra-toolkit_2.9.3+dfsg-1build2_amd64.deb

安装后，我下载了一个 SRA 文件，当我尝试下载另一个 SRA 文件时，出现了以下错误：

prefetch:` symbol lookup error: /lib/x86_64-linux-gnu/libncbi-vdb.so.2: undefined symbol: vdb_mbedtls_md_setup

我该如何解决这个问题？

答案1

看起来您正在关注我的答案。这是 1.5 年前写的。有些内容可能会改变。

根据https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/546您必须删除此本地安装的 SRA 版本

sudo rm /etc/apt/preferences.d/pin-sra-libs
sudo apt-get purge --autoremove libncbi-vdb2 libncbi-wvdb2 sra-toolkit

并安装最新版本https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software反而。

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