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'True' 与 grep 或 awk 匹配

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'True' 与 grep 或 awk 匹配

对于我正在从事的项目，我需要一个需要专门匹配特定模式的标识符列表。

我基本上在一个文件中有一个模式列表，我想在另一个文件中使用该文件来 grep 来挑选出相关的行。

幸运的是，grep -f patternfile.txt otherfile.txt > releventlinesfile.txt不起作用。都不grep -w是。

otherfile.txt的文件结构为：

test_id gene_id gene    locus   sample_1        sample_2        status  value_1 value_2 log2(fold_change)       test_stat       p_value q_value significant   
TSS10019        XLOC_007800     ABC73140       1:27498963-27503819     BA  BB  NOTEST  0.666344        0.628569        -0.0841946      0       1       1       no
TSS1002 XLOC_000726     ABC14350       1:4907952-4913152       BA  BB  NOTEST  0       0       0       0       1       1       no
TSS10020        XLOC_007801     ABC73150       1:27504093-27506154     BA  BB  OK      11.8553 13.3817 0.174729        1.26968 0.02755 0.107242        no
TSS10021        XLOC_007802     ABC73165       1:27508724-27508949     BA  BB  NOTEST  0       0       0       0       1       1       no
TSS10022        XLOC_007803     ABC73170       1:27511324-27514797     BA  BB  OK      0.893787        0.557083        -0.682037       -0.590335       0.33135 0.575735      -no

并且patternfile.txt的文件结构是：

TSS10020
TSS10056
TSS10378
TSS10708
TSS11795

我想要的输出：

TSS10020        XLOC_007801     ABC73150       1:27504093-27506154     BA  BB  OK      11.8553 13.3817 0.174729        1.26968 0.02755 0.107242        no

答案1

您需要结合使用-w和-f选项，grep以便仅匹配整个单词，而不是在结果中获得部分匹配：

grep -wf patternfile.txt otherfile.txt > releventlinesfile.txt

答案2

我对文件的数量有点困惑。

  • lijst_expressie.txt
  • sig_splicing.txt
  • 拼接.diff
  • tss_group_exp.diff
  • tss_lijst.txt

归结为：

我想从 splicing.diff 中的 lss_lijst.txt 中找到 TSS

使用简短的列表：tss_lijst.txt

TSS1
TSS10

并且splicing.diff您给出的，您可以使用以下命令提取 file1 中列出的 TSS

awk 'NF==1{ tss[$1]=1 ; next ; } $1 in tss { print ;}' tss_lijst.txt splicing.diff
TSS1    XLOC_000001     AT1G01010       1:3630-5899     BAY_ST  BAY_LP  OK      0       0       0.219269        0       0.1726  0.474413        no
TSS10   XLOC_000007     AT1G01180       1:75404-76921   BAY_ST  BAY_LP  OK      0       0       0.0277474       0       0.77985 0.900632        no

得到肯定

awk '$14 == "yes" ' splicing.diff

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