我有大约 200 个文件，其命名格式如下：
paired_dat_11_R1.fq
paired_dat_12_R2.fq
paired_dat_121_R1.fq
paired_dat_122_R2.fq
paired_dat_851_R1.fq
paired_dat_852_R2.fq
我只是想将 重命名2为1，同时保持R1和R2值不变：
paired_dat_11_R1.fq
paired_dat_11_R2.fq
paired_dat_121_R1.fq
paired_dat_121_R2.fq
paired_dat_851_R1.fq
paired_dat_851_R2.fq
答案1
您可以按如下方式使用mmv（使用 安装sudo apt install mmv）：
mmv -n 'paired_dat_*2_R2*' 'paired_dat_#1\1_R2#2'
-n以便您可以预览更改而不将其应用到您的文件。如果您对输出满意，请运行不带 的命令-n。
工作原理
mmv由文件名匹配部分（'paired_dat_*2_R2*'此处）和替换部分（'paired_dat_#1\1_R2#2'此处）组成。
在第一部分中，我们使用通配符来匹配文件名的各个部分，从而可以使用这些匹配来重命名文件。
上面的命令中*使用了通配符，表示“匹配任意字符”。第一个命令匹配和*之间的字符，而第二个命令匹配到 文件名末尾的字符。paired_dat_2_R2*2_R2
然后，每个匹配项都可以在替换部分中使用，#后跟与匹配项对应的升序数字。因此，#1对应于第一个匹配项*和#2第二个匹配项*。由于第一个*匹配项最多为2不包括它，因此#1在替换部分中使用本质上会将其删除。然后，我们添加1_R2（1应该被转义，因此我们使用\1），然后我们将文件名的其余部分添加为#2。
您可以在终端中运行以查看更多详细信息man mmv。
还有一个使用 Nautilus 的 GUI 选项，类似于阿图尔·梅尼尔德建议他的回答：
打开 Nautilus。
导航到包含您的文件的目录。
选择您的文件。
right-click并选择改名或按F2。
在弹出的窗口中选择查找和替换文本。
在里面现有文本字段输入：
2_R2在里面用。。。来代替字段输入：
1_R2单击Replace后您的文件将被重命名！
与往常一样，首先在文件的复制部分上进行测试，以确保其按预期工作。
答案2
安装Perlrename命令，如果它尚不存在（默认情况下它不在我的系统上）：
sudo apt install rename
运行此命令来执行您描述的更改：
rename 's/2_R2/1_R2/' paired_dat*.fq
语法相当于sed命令。
另请参阅此主题在 Unix 和 Linux 上。
答案3
您可以使用克鲁萨德的 MultiRename。它接受????单个字符，并且像上面的答案一样，您可以在应用它们之前查看结果。它本质上只是一个 GUI krename。