这是我第一次使用 askUbuntu，所以我希望我做对了（如果做错了请告诉我！）。
我最近买了一台微型计算机，在家里进行一些受体-配体对接实验。我已成功在系统上安装了相关程序（autodock4、autogrid4 和 mgltools）。当我从终端（用于运行 autodock 的 GUI，显示蛋白质的交互式图形）打开 autodock 工具时，窗口会弹出，没有任何问题。但是，当我尝试执行任何导致蛋白质图形发生变化的操作时（例如，读取蛋白质、去除水、添加氢、修复损坏的残基，甚至只是选择残基和/或配体并旋转蛋白质），程序会非常滞后。有时它会崩溃，但大多数时候只是需要很长时间才能完成任何操作。例如，从 .pdb 文件读取蛋白质可能需要 5 分钟以上。
当我查看 CPU 使用率（htop）时，它似乎没有特别紧张（可能只有 10%）。当我查看 GPU（radeontop）时，它基本上固定在 100% 的使用率。底层的 autodock 程序似乎很好，因为我能够通过命令行毫无问题地运行。我在其他机器上运行了 autodock 工具，这些机器似乎并不比我的机器更强大，程序运行得很好。此外，pymol 在我的迷你电脑上按预期运行，没有出现重大问题或减速，GPU 和 CPU 使用率也合理（我不知道这是否是一个公平的比较）。我倾向于责怪我的集成 GPU，但据说它能够运行现代三 A 游戏（我没有尝试过），所以我认为显示蛋白质完全在其能力范围内。无论如何，我已经联系了 autodock 人员以及 AMD，以提高我学习有用知识的几率。
您对可能存在的问题有什么看法？是不是我的 GPU 不够好？如果是这样，我可以降低图形质量以让 GPU 更轻松吗？autodock 工具是否可能在某种程度上没有正确使用我的 GPU？我该如何检查？我的驱动程序可能存在问题吗？我对这些都不太熟悉，所以如果我遗漏了什么或不清楚，请原谅。如果有任何其他有用的详细信息，请告诉我！
技术规格：MoreFine S500+ AMD Ryzen 9 5900HX（8 核，16 线程），带集成 Radeon 显卡（8 核，2100 MHz），1 TB SSD，64 GB RAM，64 位 Ubuntu 22.04.2 LTS X11 窗口 MGLTools 1.5.7，已修补（我尝试过 1.5.6、已修补版本以及每个版本的未修补版本，都出现了同样的问题）
谢谢大家！-三嗪
答案1
我找到了答案！我在这里回答，以防其他人遇到同样的问题。我会尽力解释清楚我做了什么来解决这个问题，但我可能无法解释为什么它能很好地工作。我还引用并链接到了其他各种 AskUbuntu 答案，所以希望没问题。开始吧...
Ubuntu 22.04 和 AMD 的 GPU 驱动程序中显然存在未满足的依赖关系，这会导致 Python 出现问题。关于 AMD 是否已修复此问题似乎存在一些争论，但对我来说，它肯定没有修复。如果您想从比我更了解的人那里了解更多信息，请访问此处：未满足的依赖项 ubuntu 22.04 和 amdgpu HIP 支持
我继续下载非 HWE AMD 驱动程序（https://www.amd.com/en/support/linux-drivers）。
然后我按照安装说明进行操作（https://amdgpu-install.readthedocs.io/en/latest/），直到我使用 amdgpu-install 命令。此时，我收到一个与 xorg-video-abi-24 有关的错误。
然后，我执行了 cloudqq 和 Bengt 在之前链接的 AskUbuntu 页面上的建议，将两个文件中的单词“focal”更改为“jammy”。在执行此操作之前，需要使这两个文件可由用户编辑（请参阅 Drew Anderson 的回答：如何修改 root 拥有的文件？）
现在 AutoDockTools 运行良好！希望这能帮助遇到此问题的其他人！
谢谢，-三嗪