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对多个文件运行相同的脚本，脚本需要 2 个输入文件

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对多个文件运行相同的脚本，脚本需要 2 个输入文件

我有一个包含 500 个基因型文件的文件夹，如下所示：

xaa.txt
xab.txt
xac.txt
xad.txt

我想在同一个文件中分别为每个基因型文件运行一个脚本；我知道这个问题之前已经得到解答，但是，我的脚本需要“2”输入文件格式（第一个文件是我的基因型文件，有 500 个文件，第二个文件是单个个体群体文件。我的脚本还需要输出文件每个基因型.文件。

对于我很容易使用的单个基因型文件

perl ./my_script.pl  my_geno_file.tab.table  good_individuals.txt  results.out.tab.table

其中 my_geno_file.tab.table 是第一个文件（我现在有 500 个 geno_files），good_individuals.txt 是第二个输入文件，results.out.tab.table 是第三个输入文件，应该为空..你能帮我吗如何同时对所有 500 个文件运行此脚本？

答案1

你可以去xargs。首先，通过标准输入上的管道向其提供文件，然后将参数与可执行文件一起使用，同时通过设置要使用的最大进程数来控制并行性。

printf "%s\0" _the_right_dir_/* | xargs -0 -I@ -P500 ./my_script.pl @ file_2 @file_3

-0表明xargs输入是 NUL 分隔的。

-I@定义替换符号。实际上，@管道 ( ) 右侧的第二个|被文件名替换。然后它再次出现以@file_3表明您可以@在同一命令中再次使用。这里产生输出文件名。

-P500代表最多同时运行 500 个进程。

最后，printf "%s\0" _the_right_dir_/*列出用 NUL 分隔的目录文件。然后xargs将它们一一取出并用作 的参数./my_script.pl。

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