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如何在 Bash 中将终端上的数据值导出到 CSV 文件

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如何在 Bash 中将终端上的数据值导出到 CSV 文件

我想将终端上生成的数据值导出到 CSV 文件中，以下是我在 Freesurfer 中执行指令后获得的输出

dev@dev-OptiPlex-780:~$ mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only

    $Id: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
    cwd 
    cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
    sysname  Linux
    hostname dev-OptiPlex-780
    machine  x86_64
    user     dev
    UseRobust  0
    atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

从上面的输出中，我想使用 bash 脚本在 csv 文件中提取 atlas_ICV(eTIV) （即 = 1144730 mm^3）的唯一值，任何建议将不胜感激。

我已经编写了自动代码，用于提取目录中 10 个受试者的 ICV 值

    for ICV in `cat list_subjects.txt`;do

    #mri_segstats --subject $ICV --etiv-only

   ICV_Calculation=mri_segstats --subject $ICV --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

    echo "${Subjects_ICV},${ICV_Calculation}" >>Subjects_ICV.csv

    done

其中 list_subjects.txt 包含我目录中的所有主题

答案1

我想提取唯一的值atlas_ICV (eTIV)(即 = 1144730 mm^3)

给定这个文件：

: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
cwd 
cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
sysname  Linux
hostname dev-OptiPlex-780
machine  x86_64
user     dev
UseRobust  0
atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

我可以用这个sed：

sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p' atlas
1144730 mm^3

如果您想从输出中提取该值STDOUT，只需使用管道，如下所示：

cat atlas | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'
1144730 mm^3

在你的情况下，我想它看起来像：

mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

sed --version
sed (GNU sed) 4.2.2

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