Gromacs 4.6.1 安装 Ubuntu

Gromacs 4.6.1 安装 Ubuntu

我现在快要哭了,因为我无法联系到你们。我的问题是关于 gromacs 4.6.1 的安装,我完全按照https://rohitnarurkar.wordpress.com/2013/08/26/gromacs-installation-for-linux-users/我成功地坚持到了最后一个,但是当我输入 grompp 时,它显示错误,如 Program grompp, VERSION 4.6.1 Source code file: /home/roshan2004/Downloads/gromacs-4.6.1/src/gmxlib/futil.c, line: 593

文件输入/输出错误:grompp.mdp 有关更多信息和故障排除提示,请访问 GROMACS 网站http://www.gromacs.org/Documentation/Errors上面有一些关于 gromacs 的信息,当我输入 which mdrun 程序 mdrun,版本 4.6.1 源代码文件:/home/roshan2004/Downloads/gromacs-4.6.1/src/gmxlib/gmxfio.c,行:524

无法打开文件:topol.tpr 有关更多信息和故障排除提示,请访问 GROMACS 网站http://www.gromacs.org/Documentation/Errors显然,存在一些错误。现在,如何修复它?**我甚至尝试使用 sudo apt-get install gromacs 进行安装,但是当我输入 mdrun 时,它给出了与上面相同的问题 - 无法打开文件:topol.tpr** 即使通过 sudo apt 安装后,它仍然出现以下问题:/usr/bin/mdrun roshan2004@ubuntu:~$ mdrun GROMACS: gmx mdrun,版本 5.0.2

GROMACS 的编写者有:Emile Apol Rossen Apostolov Herman JC Berendsen Par Bjelkmar
Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Sebastian Fritsch
Gerrit Groenhof Christoph Junghans Peter Kasson Carsten Kutzner
Per Larsson Justin A. Lemkul Magnus Lundborg Pieter Meulenhoff
Erik Marklund Teemu Murtola Szilard Pall Sander Pronk
Roland Schulz Alexey Shvetsov Michael Shirts Alfons Sijbers
Peter Tieleman Christian Wennberg Maarten Wolf
以及项目负责人:Mark Abraham、Berk Hess、Erik Lindahl 和 David van der Spoel

版权所有 (c) 1991-2000,荷兰格罗宁根大学。版权所有 (c) 2001-2014,瑞典乌普萨拉大学、斯德哥尔摩大学和皇家理工学院的 GROMACS 开发团队。查看http://www.gromacs.org了解更多信息。

GROMACS 是免费软件;您可以按照自由软件基金会发布的 GNU 宽通用公共许可证的条款重新分发和/或修改它;无论是许可证的 2.1 版本,还是(根据您的选择)任何更高版本。

GROMACS:gmx mdrun,版本 5.0.2 可执行文件:/usr/bin/gmx 库目录:/usr/share/gromacs/top 命令行:mdrun

退后!我刚刚将 md.log 备份到 ./#md.log.2#


程序 mdrun,版本 5.0.2 源代码文件:/build/buildd/gromacs-5.0.2/src/gromacs/fileio/gmxfio.c,行:513

无法打开文件:topol.tpr 有关更多信息和故障排除提示,请访问 GROMACS 网站http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

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