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在 Ubuntu 中安装 R 包的首选方法是什么？

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在 Ubuntu 中安装 R 包的首选方法是什么？

我正在 ubuntu 中安装 R，但是对于安装包的众多选项感到有点困惑。

传统方式是在 R 中通过 来安装它们install.package()。但是 Ubuntu 提供了使用 来安装的可能性apt-get。这很有趣，因为操作系统会保持软件包更新。由于他们只有几个可用的软件包，所以迟早会产生问题。我最终会通过传统方式安装软件包，以不同的方式安装它们，也许 (?) 这也会产生版本问题。

在 Ubuntu 中安装和保留 R 包的首选方法是什么？

答案1

我认为 Ubuntu 存储库中唯一可用的 R 软件包是由 R 开发核心团队维护的软件包。与大多数软件包一样，通过 或 synaptic 提供的软件包并不总是最新版本。幸运的是，您可以选择添加 CRAN 维护的软件源，方法是创建一个包含一行文本的apt新文件：/etc/apt/sources.list.d/CRAN.list

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

（替换trusty/为您的发行版代号；如果您不知道，请lsb_release -c在终端中输入）。在此之后（和apt update），您的包管理器将始终安装（或更新到）CRAN 维护的r-base、r-base-core等版本，因为它们的版本号将高于 debian 源中的版本号。请参阅这里如果apt抱怨 repo 未签名。

对于所有其他软件包（又称“贡献软件包”），我更愿意install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))尽可能在 R 中通过 安装，除非我确切知道 CRAN 上的版本较旧，而较新版本具有我需要的功能。在这种情况下，您可以使用 从 GitHub 安装devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')或下载存档并通过 从终端窗口安装R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz，或通过 在 R 中安装install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source")。

为了完整起见，这里CRAN 的官方指导。

答案2

我通常会尽可能使用 install apt-get r-cran，因为这样可以更简洁地处理依赖项和更新。只有当它不可用时，我才会使用 R 内部的 install。

请注意，R Debian 软件包有两个存储库：

  1. 官方 R：提供了一些软件包。要包含它，您需要添加到 repo 的链接更新 source.list 文件。这记录在CRAN-ubuntu 页面，然后运行apt-get update，然后升级

  2. PPA：Michael Rutter 提供了苯甲酸，cran2deb4ubuntu，其中包含更多软件包。有关某些文档，请参阅这个博客。您只需运行（然后在更新/升级之后）：

     sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u

答案3

请注意，对于 R 3.5.0，repo 名称已更改，Michael Rutter 预编译的任务视图库现在可以从cran2deb4ubuntu_3.5

答案4

您可以在包pkg_install中使用函数pak。有关更多信息，请参阅此链接。

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