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安装生物信息学软件

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安装生物信息学软件

我对 Linux 很陌生，之所以选择它，是因为生物信息学研究所需的一些程序要么只能在 Linux 上运行，要么可以通过 Linux 轻松操作。

目前正在尝试安装一个名为 Mothur 的程序。以下是针对 linux/unix 的安装流程https://www.mothur.org/wiki/Installation：

1）下载了程序 2）执行以下步骤：

mkdir mothur
cd mothur
unzip ../Mothur.source.zip
make

我收到的错误信息是：

make: *** No targets specified and no makefile found.  Stop.

我不懂这啥意思。

本教程进一步指出：

运行 mothur：

./mothur

希望 mothur 能够以交互模式打开。

但事实并非如此。

如能得到帮助我将非常感激。

答案1

只需快速检查一下，似乎您正在寻找的软件包可以在现有的软件选择中找到。

要安装打开终端并输入

Sudo apt install mothur

这应该会安装您正在寻找的程序，然后您将能够在系统上安装的应用程序中找到它。

如果您不熟悉 Linux，这比尝试使用 make 要好。

答案2

看起来您颠倒了安装说明中两个命令的顺序。它应该是：

unzip mothur.zip
cd mothur
make

用于从源代码构建程序的位于源代码档案的子目录中Makefile。如果您在调用时没有告诉它在哪里查找，它只会在当前工作目录中查找。（除此之外，它使用其内置的构建规则集，该规则集不包含在未指定时使用的默认目标规则。）makemoturmakeMakefile

尽管如此，你仍然可以从 Ubuntu 的软件包存储库安装 Mothur：

sudo apt install mothur

答案3

“ ”表示当前目录中make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.没有 makefile（包含用于构建软件的规则）。执行 后，使用来查看哪些文件和目录已解压。可能会有一个名为、或 的目录。在 中搜索名为“Makefile”的文件，然后重试。makecd mothurlsbuildsourcesrccdmake

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