我懂了：
error while loading shared libraries: liblzma.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
我试过：
sudo apt-get install liblzma5
sudo apt-get install liblzma-dev
但它们不起作用。如何安装缺少的共享库文件？
编辑：
我根据以下 docker 文件从头构建了我的系统。
FROM biocontainers/biocontainers:latest
USER root
RUN apt-get update
RUN apt-get install -y vim
RUN apt-get install -y sudo
RUN conda install -y bwa
RUN conda install -y GATK
RUN conda install -y samtools
RUN conda install -y picard=2.3.0
WORKDIR /protocol
答案1
liblzma.so.0我认为是在 v5（大约在 2010 年发布）之前由旧版本的 liblzma 使用。
尝试编译 v4.999.9betahttps://tukaani.org/xz/old.html
符号链接liblzma.so.5可能liblzma.so.0会起作用，也可能会导致段错误或其他错误。
答案2
1. 从 tukaani.org 下载 xz-utils
2. 提取 tar 文件
$ tar -xvf xz-*.tar.gz
3. 构建
$ cd xz*
$ ./configure && make
4. 安装
$ sudo make install
5. 重新配置动态链接器绑定
$ sudo ldconfig /usr/local/lib
现在 pacman 应该可以再次工作了。使用 pacman 安装 xz-utils：
$ sudo pacman -S core/xz-utils
现在，您可以通过访问其源目录来卸载手动安装的 xz-utils：
$ sudo make uninstall
现在可以删除源目录和下载的 tarfile，并且一切都应该井然有序。
编辑：为了安全起见，在删除手动安装的数据包后再执行一次 pacman -S core/xz-utils。