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在.csh环境中安装软件

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在.csh环境中安装软件

我正在尝试安装一个名为羽毛基于csh的HPC环境。我已经在bash环境中成功安装了。通常在bash环境中，使用以下命令进行配置：

./configure --prefix=/home1/GroupAN/kirtika/softwares/plumed/ CC=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpicc CXX=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpicxx FC=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpifort

我在 csh 环境中尝试过这个：

setenv mpicc /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicc
setenv mpicxx /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicxx
setenv mpifort /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpifort
setenv plumedir /home1/GroupAN/kirtika/softwares/plumed/

./configure --prefix=$plumedir CC=$mpicc CXX=$mpicxx FC=$mpifort

它不起作用。错误是：

configure: error: in `/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3':
configure: error: C++ compiler cannot create executables  [1]: http://www.plumed.org/

如果有人能帮助我解决这个问题那就太好了。另外，如何为 csh 环境配置这些行？我只能想到export改为setenv

export PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$PATH"
export LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"
export DYLD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"
export PLUMED_KERNEL="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/libplumedKernel.so"

答案1

这里的实际错误隐藏在config.log文件中。

MPI 编译器mpicc和mpicxx（分别针对 C 和 C++）实际上是真实编译器的“包装器”。包装器所做的就是使用适当的标志调用编译器。

似乎mpicxx编译器包装器没有找到icpc编译器（即 Intel C++ 编译器）。这config.log显示为

/opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicxx: line 273: icpc: command not found

要解决此问题，请联系系统管理员，看看这是否是 MPI 安装配置错误，或者您是否错过了加载某种软件模块。

至于问题的第二部分，

sh-样式export命令

export DYLD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"

setenv可以写成

setenv DYLD_LIBRARY_PATH "/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"

in csh（对于其他命令行也类似export）。请注意省略任何=.

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