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从向量创建元素组合以作为程序的输入

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从向量创建元素组合以作为程序的输入

我有一个单词列表。例如：

a=(ENCFF002CDP ENCFF002COQ ENCFF002DAJ ENCFF002DCM)

我想使用一个工具来运行它们的所有可能的组合，例如：

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ > ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected  
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ > ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected

等等所有可能的组合。

我怎样才能做到这一点？

答案1

declare -a encode_ids=(ENCFF002CDP ENCFF002COQ ENCFF002DAJ ENCFF002DCM)  

for (( i = 0; i < ${#encode_ids[@]}; ++i )); do
  for (( j = i + 1; j < ${#encode_ids[@]}; ++j )); do
    bedtools intersect -a "${encode_ids[i]}" -b "${encode_ids[j]}" \
      >"${encode_ids[i]}.${encode_ids[j]}".intersected
  done
done

上面的双循环将为您提供给定 ID 的所有组合，但会忽略相同 ID 与其自身的组合，并且如果已经使用了组合，则避免将 IDA与组合。BBA

示例数组将导致以下bedtool运行：

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ >ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ >ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DCM >ENCFF002CDP.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DAJ >ENCFF002COQ.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DCM >ENCFF002COQ.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002DAJ -b ENCFF002DCM >ENCFF002DAJ.ENCFF002DCM.intersected

答案2

那这个呢？

组合.py

import sys
from itertools import combinations
for i in combinations(sys.stdin.readline().strip().split(" "),2):
    print i[0],i[1]

k.sh

#!/usr/bin/env bash

a=(ENCFF002CDP ENCFF002COQ ENCFF002DAJ ENCFF002DCM)

echo "${a[@]}" | python combo.py  | while IFS=" " read -r a b
do
    echo "bedtools intersect -a $a -b $b > $a.$b.intersected"
done

./k.sh 应该生成

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ > ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ > ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DCM > ENCFF002CDP.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DAJ > ENCFF002COQ.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DCM > ENCFF002COQ.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002DAJ -b ENCFF002DCM > ENCFF002DAJ.ENCFF002DCM.intersected

答案3

这是 awk 版本。
如果您需要在系统中运行 bedtools 命令，请删除“echo”和“\\”。

$ awk '{ 
        gsub(/[^0-9A-Z ]/,"")    # delete unneeded chars like "a=(", ")"
        for ( i=1; i < NF; i++) { 
            for (j=(i+1); j <= NF; j++) { 
                system("echo bedtools intersect -a "$i" -b "$j" \\> "$i"."$j".intersected")
            } 
        }  
}' file

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ > ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ > ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DCM > ENCFF002CDP.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DAJ > ENCFF002COQ.ENCFF002DAJ.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002COQ -b ENCFF002DCM > ENCFF002COQ.ENCFF002DCM.intersected
bedtools intersect -a ENCFF002DAJ -b ENCFF002DCM > ENCFF002DAJ.ENCFF002DCM.intersected

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