首先我要重申一下我的惯例：只有当我在 Google 上找不到任何内容时，我才会在 StackExchange 网站上提问，而且我的提问技巧已经生疏了，所以请原谅我等等等等...
所以，这个问题分为两部分。我通常会将它们分成两个单独的问题，但它们或多或少都在处理相同的问题，所以我觉得这是最合适的。
第一部分：普遍的不稳定。或者，“我的系统为何这么不稳定？“
似乎每次我让这台特定的机器/系统长时间运行（见底部详细信息），它就会随机出现内核崩溃、崩溃或完全冻结。我记录的最长正常运行时间约为 18 小时。这可能是我运行过的最不稳定的 Linux 发行版（或机器？）。即使是 Windows Vista 也可以运行至少 20 小时（尽管在 5 小时左右会随机出现 10-20 分钟的锁定）。这就像看着一位患有急性喉炎的老人在特别剧烈的咳嗽过程中。换句话说，这很令人不安。我也没有运行一堆繁重的软件。我使用的 CPU 最密集的应用程序是 Firefox，即便如此，我还是坚持使用 wget 而不是 Firefox 的下载器，并通过 vlc 流式传输 youtube 视频，而不是处理 Flash 的滞后（Flash 实际上在这台机器上运行得相当不错。所以这更像是一个老习惯）。
我运行的最后一个系统（戴尔 Inspiron 笔记本电脑上的 Linux Mint 15 32 位）可以运行数月，然后发生一些奇怪的事情迫使我重新启动，例如声音守护程序崩溃并拒绝正常重新启动，或者注销并且系统无法接受我的密码，或者当时罕见的“不同步”内核恐慌（这对我来说现在太常见了）。我在那台电脑上最长的正常运行时间是令人印象深刻的 4 个月零 3 天，直到主板在一次电涌中最终烧坏，我不得不购买这台电脑（以及电涌保护器/电池备份以防止这种情况再次发生）。
这就是总体不稳定的情况。现在我们进入第二部分。
第二部分：我今天的奇怪经历。或者，“为什么 Ubuntu 崩溃会触发 Windows 8.1 启动修复？“
今天我去赴约了。当时我正在整理音乐和视频库中的大量文件。因此，我决定不顾自己的判断，让电脑继续开着（见第 1 部分）。回来后，我发现电器出现了断电的迹象。于是我检查了一下电脑，看看备用电池是否发挥了作用，看到电源灯亮了，我有点高兴。但是当我打开显示器时，我看到的是 Windows 8.1 启动修复。这……完全说不通。首先，我不知道 Ubuntu（或任何 Linux 版本）即使在崩溃时也会自动重启。其次，我甚至没有运行 Windows。上次运行 Windows 时，关机过程非常干净。为什么 Ubuntu 崩溃会导致 Windows“需要”启动修复？据我所知，如果未安装另一个分区，则单独分区上的系统不可能影响另一个分区。
我在使用此设置时遇到了一些最令人困惑的问题，但这个问题最为棘手。
我从不确定应该复制/粘贴哪些日志，但这里有一些关于我的系统崩溃前的状态的高度详细的信息（并不是说崩溃造成了任何真正的损害......它没有），以防某些特定的软件组合能够破坏系统的稳定性：
Hardware:
Acer Aspire XC Tower
2 x Acer monitor
Other:
Surge Protector/Backup Battery combo unit
Ethernet Cable to connect to internet
WiFi antenna. Forgot why I installed it.
Systems:
Windows 8.1
Ubuntu 14.04.1 (Kernel 3.13.0-40-generic)
Address size:
Hardware: 64 bits
Operating System: 64 bits
X version:
X.Org X Server 1.15.1
2014-04-13
X Protocol Version 11, Revision 0
Environment:
i3 window manager
no desktop
version 4.7.2 (2014-01-23, branch "tags/4.7.2")
Recently used software and their versions:
firefox (v33.0),
xterm (v297),
bash (v4.3.11(1)-release)
htop (v1.0.2),
alsamixer (v1.0.27.2),
vim (v7.4),
mc (v4.8.11),
cmus (v2.5.0)
我将根据要求在此添加更多信息/日志，非常感谢您花时间阅读此文。
更新：经过近一年的处理，我慢慢找到了这个问题的根源。结果发现，问题并不出在 Ubuntu 上。不能是 Ubuntu。它只是看起来之所以如此，是因为我对 Windows 分区的使用与我对 Ubuntu 分区的使用相比相形见绌。我确信，如果我使用 Windows 的时间足够长，它最终也会锁定。
这是 CPU。几个月前，我开始在会话期间运行脚本来记录正在发生的事情，并设置我的魔法键以便能够执行心爱的组合SysRQ + REISUB，这时我才意识到这一点。不仅所有日志（包括内核转储的日志）在发生冻结时突然结束，而且内核不会响应任何魔法键。温度正常。冻结时，声音会像 N64 游戏一样循环播放。实际上，冻结与 NES/SNES/N64 冻结非常相似。一切都很正常，好像从未发生过冻结，但一切都突然及时停止。简而言之，不知何故，CPU 被锁定。
因此，由于问题出在硬件上而不是 Ubuntu，我将这个问题的前半部分交给超级用户。
答案1
我可能只是浏览了一下你的问题，但根据经验法则，Linux 和 Windows 应该使用各自的硬盘。它们总是会尝试优先于对方，即使在不同的分区上也是如此。
*编辑：当两个操作系统都在驱动器上分区时，我会尝试不使用任何 Windows 修复工具。Gparted 不会弄乱任何东西，但是，像它这样的工具可能会使 Windows 混乱，尤其是在启动时。