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安装 R 包的两种方法

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安装 R 包的两种方法

在 Ubuntu 16.04 中使用以下代码安装 R 和 RStudio 后：

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

和

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.143-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-1.0.143-amd64.deb

我正在尝试安装程序包，但在 R 控制台中出现了如下错误

安装.包(“fGarch”)
将包安装到'/usr/local/lib/R/site-library'
（因为“lib”未指定）
install.packages 中的警告：
  'lib =“/usr/local/lib/R/site-library”' 不可写

由于我是 Linux 新手，我不知道在哪个目录中安装 R 包。我不确定这是问题还是我在安装时犯了错误。有人能帮我解决这个问题吗？提前谢谢。

答案1

我不知道为什么 R 3.4.1 会更改库路径。要将其改回来，只需编辑/etc/R/Renviron：

$ sudo gedit /etc/R/Renviron

注释掉R_LIBS_SITE=...然后取消注释R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

答案2

这个答案是关于在 R 和 RStudio 中安装额外的 R 包。如果你正在寻找如何安装 R 和 RStudio，请参阅安装 RStudio——这与其他软件包有很大不同吗？

安装 R 包的两种方法

我不推荐使用 RStudio 或具有特权的 R。使用类似的方法sudo运行单个 R 命令应该没问题。下面描述的两种方法是其他替代方案。sudosudo R INSTALL fGarch

1. R 包作为 Ubuntu 软件

在使用 R 时，您需要安装其他 R 包。有时这些包在存储库中可用。说出您想要的 r 包，fGarch那么存储库中的包名为。按 ++打开r-cran-fGarch终端并输入：CntrlAltT

sudo apt install r-cran-fGarch

以这种方式安装 R 包有两个好处：

  1. 它将保持fGarch最新状态。每当fGarchR-Cran 存储库中更新时，它将随着系统更新过程在您的计算机中更新。
  2. 该计算机的所有用户都将能够fGarch在 R 和 RStudio 中使用该包。

但是，并不是每个 R 包deb在 Cran 仓库中都有对应的预编译安装包。fGarch恰好其中一个包有。所以，上述方法不适用于这个包。

2. RStudio 中的 R 包

fGarch可以从 RStudio 内部轻松安装和更新R 软件包。如果这样做，您将看到错误消息，并发现 RStudio 将新文件（包括更新）放在您的主目录中/home/<user>/R/site-library/。如果您是这台计算机上唯一使用 R 和 RStudio 的用户，那么这没问题。您看到的“警告”不会阻止您使用该软件包fGarch。但是，此计算机的其他用户将无法访问它。

解决此问题并让 RStudio 在适当的位置安装所有将来的附加软件包的一种方法是将自己添加到组中。按+ +staff打开终端并输入：CntrlAltT

sudo adduser <user> staff

替换<user>为您的用户名。

/usr/local/lib/R/site-library/此后，您将获得安装或更新软件包或的选项/home/<user>/R/site-library/。然后您可以选择前者作为默认安装位置。

来源：https://stackoverflow.com/questions/5560139/install-r-package-xml-in-debian-ubuntu

希望这可以帮助

答案3

如果你想安装 R 附加包全部用户您/usr/local/lib需要授予 R 超级用户权限才能在那里创建文件。要以超级用户身份安装 R 附加包，请运行：

sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

在这里您可以<PACKAGES…>用任意数量的附加包的名称来替换要安装的附加包。

如果你想安装一个包仅限你自己您不需要授予 R 超级用户权限，但需要指定安装目标。一种方便的方法是使用环境变量：

export R_LIBS_USER=<PATH>

<PATH>其中，用用户特定 R 包的目录路径替换。我建议~/.local/lib/R/site-library。现在您可以安装包：

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

您需要确保在启动 R 之前设置此环境变量，否则它将找不到安装到该位置的包。最好的选择是将上述export命令附加到文件~/.profile。请参阅环境变量了解更多信息。

答案4

尝试通过终端打开 R须藤。这将要求您输入密码并允许您授予在系统中写入文件的权限。图片

编辑：为了清晰起见，请查看图片

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