如何使用另一个文件中的 ID 列表来 grep fasta 序列？

Question

我有一个很大的 fasta 序列文件和一个 ID 列表。我需要grep使用来自另一个文件的 ID 获取一些带标题的序列。以下是文件示例。

文件 1：

>AB1234
ACGTAGATA
>AB3456
ACGATAGAT
>AB4567
ACGTGTGA

文件 2

>AB1234
>AB3456

Answer 1

您可以grep从文件中读取模式，每行一个模式，使用以下-f选项：

grep -x -F -A 1 -f 'File 2' 'File 1'

此外，

• -F按字面意思解释模式，而不是正则表达式，

• -x仅匹配整行，

• -A N打印N每次匹配后的行。

Answer 2

我让它工作了：

for i in $(cut -d" " -f1- file2); do grep -o "$i" file1 | tee -a result.txt; done

假设file1==id文件，并且file2== 要进行 greped 的文件

结果.txt：

AB1234
AB3456