我对 UBUNTU 和 Mothur 都很陌生。我正在尝试安装从https://github.com/mothur/mothur/releases(Mothur.linux_64.zip)。我遵循了 Mothur 提供的安装流程:
mkdir mothur
cd mothur
unzip ../Mothur.source.zip
make
但是我收到此错误:
make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.
我进入文件但找不到任何 makefile(Blast、CatchAllCmdL.exe、LICENSE、mothur、uchime、vsearch。我可以尝试使用:
Sudo apt install mothur
但是,它只安装了以前的版本。如果有人能帮忙的话!
谢谢
答案1
您不需要mothur
从源代码构建。
Mothur.linux_64.zip已准备好执行。
$ wget https://github.com/mothur/mothur/releases/download/v1.39.5/Mothur.linux_64.zip
$ unzip Mothur.linux_64.zip
$ cd mothur
$ ./mothur
给出这个:
mothur v.1.39.5
最后更新: 3/20/2017
[...]
mothur >
答案2
Mothur.linux_64.zip
包含已编译的可执行文件。您不必构建它;只需运行它即可。如果您已cd
进入mothur
包含也称为 的文件的解压目录mothur
,则只需运行以下命令:
./mothur
您可能希望将解压后的mothur
目录(或移动解压后的目录)放在您喜欢的任何位置,然后将该可执行文件的符号链接放在mothur
您的PATH
.
如果您能够运行该程序,但想要了解如何使用它的信息,您可以输入它help()
给您的提示,其中列出了所有可用的命令以及文档链接。
如果你真的想从源代码编译它然后你必须下载源代码,皮姆说你可以通过获取.tar.gz
标有“源代码”的文件来实现下载页面。但是根据您的询问,我没有理由认为您确实需要或想要这个。有了您拥有的,您应该能够运行该程序;它已经为您编译好了,所以您不需要先编译它。