我用ClustalX为了在我的家用台式机上对齐几个异常大的序列，这花了一个多星期才完成，并且远低于机器的最大容量。
给出top | grep clustalx以下输出
5985 @用户名 0 -20 1971048 105428 9012 R 99.9 2.7 5829:27 clustalx
它显示 CPU 使用率约为 100，内存使用率约为 3% RAM。但系统监视器却显示并非如此，
图片中最多有 2 个 CPU 核心在运行，这是因为我正在使用 Firefox 和系统监视器，否则只有一个。我还将 clustalx 的优先级设置为Very high，但我看不到任何明显的改进。
我还应该做些什么才能让它利用更多的 CPU 和 RAM。任何建议都会有用。
平均负载〜2.7（当我使用其他程序时）
我看过以下与此相关的帖子，但它们没有回答我的问题：
系统规格：
Ubuntu 64 位 14.04 LTS 配备 154GB HDD 分区、4GB RAM、Intel Core i3-4130 CPU @ 3.40GHz × 4 处理器和 10 GB 交换空间。
项目规格： 适用于 Linux 的 ClustalX — 用于生物序列比对。
为了确定我的程序是 32/64 位，我使用了
find /usr/bin/clustalx
/usr/bin/clustalx：ELF 64 位 LSB 可执行文件，x86-64，版本 1（SYSV），...
答案1
简单：根据核心数多次运行程序......
我对多种格式的视频进行同样的转码：并非所有的视频编码器都是多核/多 CPU 感知的，因此我在一个核心上运行一个分辨率的视频编码器，在另一个核心上运行另一个分辨率的视频编码器（使用不同的命令行参数）。
低质量的评论者：一些复杂的问题有极其简单的解决方案。