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提取包含模式的行

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提取包含模式的行

我想提取包含这些模式的文件中的所有行：“#1：”和“树长度”。

输入：

#1: nexus0002_Pseudomonas_10M     

 branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS

   6..5      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..7      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   7..1      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   7..4      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..8      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   8..2      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   8..3      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2

tree length for dN:       0.0023
tree length for dS:       0.0341

#1: nexus0003_Pseudomonas_10M     

 branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS

   6..5      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..7      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   7..1      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   7..4      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   6..8      0.000   390.0   195.0  0.0668  0.0000  0.0000   0.0   0.0
   8..2      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2
   8..3      0.013   390.0   195.0  0.0668  0.0008  0.0114   0.3   2.2

tree length for dN:       0.0111
tree length for dS:       0.0444

输出：

#1: nexus0002_Pseudomonas_10M     

tree length for dN:       0.0023
tree length for dS:       0.0341

#1: nexus0003_Pseudomonas_10M

tree length for dN:       0.0111
tree length for dS:       0.0444

有没有简单的 sed 解决方案？

答案1

使用grep

grep -E "^#1:|tree length for" infile.txt

或者sed

sed -n '/^#1:/p;/^tree length for/p' infile.txt

答案2

从您提供的数据来看，您似乎想获取以非空白字符开头的所有行：

$ grep '^[^[:blank:]]' file.in
#1: nexus0002_Pseudomonas_10M   
tree length for dN:       0.0023
tree length for dS:       0.0341
#1: nexus0003_Pseudomonas_10M   
tree length for dN:       0.0111
tree length for dS:       0.0444

和sed：

$ sed -n '/^[^[:blank:]]/p' file.in

在 和 中grep，sed将[[:blank:]]匹配单个空格或制表符。 [^[:blank:]]因此匹配任何单个字符不是空格或制表符。放在^前面会将图案锚定到行的开头。

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