安装特定版本的 R pgmm 库失败

Question 1

在 Ubuntu 20.10 上，可以使用 gcc-9 安装 pgmm 1.1：

sudo apt-get install gcc-9
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-9 9

然后编译R包。

要将 gcc 版本恢复为默认版本，请使用以下命令：

sudo update-alternatives --remove-all gcc

Answer

在 Ubuntu 20.10 上，可以使用 gcc-9 安装 pgmm 1.1：

sudo apt-get install gcc-9
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-9 9

然后编译R包。

要将 gcc 版本恢复为默认版本，请使用以下命令：

sudo update-alternatives --remove-all gcc

Question 2

该问题与 R pgmm 的特定版本无关，而是与任何不符合指南的 R 扩展有关编写 R 扩展：1.6.4.1 常用符号使用 GCC 10 及更高版本构建时。

我们可以使用functions.h从复制的最少内容pgmm/src以及包含它的几个最小 C 源文件进行演示：

$ head functions.h A.c B.c
==> functions.h <==
double (*testfunc)(double **, double **, int *,int,int,int,int,double *,double *,double);
typedef typeof(testfunc) funcType;

double (*testfunc2)(double **, double **,int,int,int,int,double *,double *,double);
typedef typeof(testfunc2) funcType2;

==> A.c <==
#include "functions.h"

==> B.c <==
#include "functions.h"

然后使用 GCC 10，使用默认值-fno-common：

$ make CC=gcc-10 A.o B.o
gcc-10    -c -o A.o A.c
gcc-10    -c -o B.o B.c
$ gcc -shared A.o B.o && echo "OK" || echo "FAILED"
/usr/bin/ld: B.o:(.bss+0x0): multiple definition of `testfunc'; A.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: B.o:(.bss+0x8): multiple definition of `testfunc2'; A.o:(.bss+0x8): first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
FAILED

而-fcommon

$ rm *.o
$ make CC=gcc-10 CFLAGS=-fcommon A.o B.o
gcc-10 -fcommon   -c -o A.o A.c
gcc-10 -fcommon   -c -o B.o B.c
$ gcc -shared A.o B.o && echo "OK" || echo "FAILED"
OK
$

解决方案是使用旧版本的 GCC 进行构建，或者自定义 R 构建过程，如R 安装和管理：6.3.3 自定义包编译-fcommon通过变量传递选项CFLAGS。

也可以看看：

Answer