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如何在字符串和数字模式周围添加双引号？

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如何在字符串和数字模式周围添加双引号？

你好，我需要在 30 万行的模式中添加双引号。我尝试使用 sed，并阅读了这里和其他来源的多个询问，但我似乎无法理解它的语法。

我有：

chr1    StringTie       exon    191964  192299  1000    -       .       gene_id MSTRG.201; transcript_id MSTRG.201.53; exon_number 2;
chrY    StringTie       exon    26420508        26420531        1000    +       .       gene_id MSTRG.49889; transcript_id MSTRG.49889.11; exon_number 1;

我需要：

chr1    StringTie       exon    191964  192299  1000    -       .       gene_id "MSTRG.201"; transcript_id "MSTRG.201.53"; exon_number 2;
chrY    StringTie       exon    26420508        26420531        1000    +       .       gene_id "MSTRG.49889"; transcript_id "MSTRG.49889.11"; exon_number 1;

我使用 sed 如下：

sed 's/MSTRG./"MSTRG."/g' filename

但我只能得到：

chr1    StringTie       exon    191964  192299  1000    -       .       gene_id "MSTRG."201; transcript_id "MSTRG."201.53; exon_number 2;
chrY    StringTie       exon    26420508        26420531        1000    +       .       gene_id "MSTRG."49889; transcript_id "MSTRG."49889.11; exon_number 1;

我试过了：

sed -Ei 's|MSTRG[[:digit:]]+|"&"|g' filename
sed 's/M/"M/; s/$/"/' filename
sed 's/MSTRG.[[:digit:]]+/"MSTRG.[[:digit:]]+"/g' filename

但这些都不起作用。

我想知道我是否可以使用 awk，但我不懂这种语言的任何技能。

请问有什么帮助吗？

提前致谢。

答案1

为什么要将自己限制在这个特定的基因名称上？这里有一个更通用的解决方案，它将任何内容放在gene_id引号transcript_id中;：

$ sed -E 's/(transcript_id|gene_id)  *([^;]+)/\1 "\2"/g' file
chr1    StringTie       exon    191964  192299  1000    -       .       gene_id "MSTRG.201"; transcript_id "MSTRG.201.53"; exon_number 2;
chrY    StringTie       exon    26420508        26420531        1000    +       .       gene_id "MSTRG.49889"; transcript_id "MSTRG.49889.11"; exon_number 1;

解释

  • -E：这启用了扩展正则表达式，让我们可以使用( )未转义的（非\( \)）来捕获组，并且还+为我们提供了“一个或多个”并允许我们使用非转义的|“这个或那个”。
  • s/(transcript_id|gene_id) *([^;]+)/\1"\2"/g'：我们正在寻找“transcript_id或” gene_id（这就是为什么|使用 ，表示“或”），后跟一个或多个空格（+），然后是一个或多个非;字符。括号用于捕获匹配的内容，因此可以将其用在替换运算符的右侧。第一个捕获的组（此处为transcript_id或gene_id以及空格）将是\1，第二个将是\2等等。然后，这些内容将全部替换为首先捕获的内容（\1），然后替换为第二个捕获的内容，并用引号（"\2"）括起来。
  • s///g：g需要进行替换Global，替换在同一行找到的所有匹配项。如果没有g，则只会替换第一个匹配项。

您可以将其用于任意基因名称，甚至整个 GTF 文件，它都应该正常工作。

答案2

使用 GNU sed：

sed -E 's/MSTRG[0-9.]+/"&"/g' file

输出：

chr1 StringTie 外显子 191964 192299 1000 - . gene_id "MSTRG.201"; transcript_id "MSTRG.201.53"; exon_number 2;
chrY StringTie 外显子 26420508 26420531 1000 + . gene_id "MSTRG.49889"; transcript_id "MSTRG.49889.11"; 外显子编号 1;

&：指模式空间中匹配的部分

请参阅：man sed和Stack Overflow 正则表达式常见问题解答

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