Windows 更新会发送安装在您系统上的软件。除其他事项外，他们可能会向您发送根证书。很明显，如果有人能篡改微软发送给您的内容，我们就会遇到大麻烦。
显然，MS 应该对他们发送的东西进行某种签名/加密，但我在网上找不到任何关于他们究竟如何做到这一点的参考资料……
搜索词“Windows 更新安全”有点尴尬。
答案1
他们使用（至少）公钥认证和TLS/SSL除此之外，可能还涉及一些专有秘密。
以下是 MS 隐私声明（在搜索有关更新的信息时，Windows 帮助中引用了它）是我能找到的最接近的“直接”、纯英文的参考，表明他们使用 SSL 来传输信息。
除此之外，假设你的情况：
为了实现这一目标，黑客要么获得控制权，要么欺骗 MS 更新服务器，要么说服您的 Windows 副本转移到另一台服务器。
他们还必须正确加密和签署他们发送给您的虚假更新，以使您的 Windows 相信它们是合法的，或者破解您的 Windows 以接受他们的错误加密。
如果他们可以入侵您的 Windows 机器并更改这些内容，那么他们就已经获得了所需的所有访问权限。
如果他们想通过 Windows 更新来吸引广泛的受众，而无需入侵每台机器，他们就必须通过虚假/欺骗服务器的方法来实现，这将极其困难。
希望这能帮助减轻您的恐惧...:)
答案2
所有软件包都经过数字签名并且软件包的传输受 SSL 保护。
答案3
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc751157.aspx这可能不是您问题的直接答案，但它肯定会提供一个很好的起点。
顺便说一句，你只需要好好地和谷歌谈谈：http://www.google.com/search?ie=UTF-8&q=%22windows+update%22+%22root+certificate%22+%22certificate+authority%22：）