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变量值填充在 bash 中不起作用

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变量值填充在 bash 中不起作用

我有以下 bash 脚本：

#!/bin/bash
$db=DB
$H=6973
$cov=38
for i in $(find . -type f -name "*.*.las");
do
  cat <<EOF
  #qsub <<EOF
#!/bin/bash -l

#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=30G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

cd \$PBS_O_WORKDIR

source activate thegenemyers

DAStrim=$(DASqv -v -H$H -c$cov $db $i | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" -)

DAStrim $db $i 

EOF

done

不幸的是，我收到了这个错误：

sh Dascrubber_pbs.sh

DASqv: -H '' argument is not an integer
  #qsub <<EOF
#!/bin/bash -l

#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=30G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

cd $PBS_O_WORKDIR

source activate thegenemyers

DAStrim=

DAStrim  ./DB.309.las

我本来希望看到例如DAStrim=$(DASqv -v -H6973 -c38 DB ./DB.82.las | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" -)。

我错过了什么？

答案1

有两个问题：

  1. 作为钢铁司机指出，shell 中的赋值（C shell 派生类除外）看起来像 
    多变的=价值
    不是 
    $多变的=价值
  2. 如果此处文档的分隔符字符串未加引号，则会解释（扩展）此处文档的内容。所以你不应该期待看到DAStrim=$(DASqv -v -H6973 ...)，你应该期待看到。如果出于某种原因，您想要查看该命令，您应该引用、 或其任何字符（这样您就可以使用、、或各种其他变体），或者转义。例如，DAStrim=whatever_the_output_of_DASqv_isEOF'EOF'"EOF"\EOF$
    $ 工作目录=/tmp
 
$ i=foobar.las
 
$ 猫 << EOF
cd \$WORKDIR
ls -l "$i"
今天=$(日期)
EOF
cd $WORKDIR                             （输出）
ls -l“foobar.las”
今天=2018 年 1 月 30 日星期二 1:27:42 AM
 
$ 猫 << 'EOF'
cd \$WORKDIR                            （与上面相同的输入）
ls -l "$i"
今天=$(日期)
EOF
cd \$WORKDIR                            （输出）
ls -l "$i"
今天=$(日期)
 
$

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