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在 slurm 脚本中启动奇点

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在 slurm 脚本中启动奇点

我在 /usr/local/bin 上安装了奇异性，并且想要从 linux 集群上的 slurm scirpt 启动奇异性，但我不断收到此错误“错误：/var/spool/slurm/d/job01485/slurm_script: line 21：奇异性： 找不到命令”

我的路径设置正确吗？

这是我的 slurm 脚本的重要部分：

#!/bin/bash
#BATCH --mail-user=
##SBATCH --mail-type=ALL
##SBATCH --nodes=2    # comments allowed
##SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=00:10:00
##SBATCH --mem=500M
#SBATCH --output=test4.out



export PATH=$PATH:/usr/local/bin
echo $PATH
# where are we running?
pwd
hostname
singularity exec s.simg  hostname

# which OS is this?
cat /etc/issue
singularity exec s.simg

答案1

除非您是 root，否则 /usr/local/bin 应该已经在您的路径中，因为 slurm 将以您的用户身份运行该作业。

最有可能的是，slurm 为您分配作业的计算节点上尚未安装奇点。

如果您自己构建集群，我建议您设置模块系统和仅用于应用程序和模块文件的共享安装。

这将使您拥有一个中央来源来保持所有内容都是最新的。

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