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如何使用 SLURM sbatch 的变量来设置输出/错误文件名？

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如何使用 SLURM sbatch 的变量来设置输出/错误文件名？

我们刚刚切换到使用 SLURM，我想使用循环和sbatch.以前，我可以使用变量作为输出文件名的一部分。我一直在尝试sbatch使用--export传递变量来执行此操作，但无法为 std 错误/输出文件名插入变量。我认为它适用于工作名称 ( -J) 和--wrap零件。

for i in *fastq.gz; do sbatch \
--export=i=$i --error='$i.eo%j' --output='$i.eo%j'  \
-J trim_`basename ${i}` \
--wrap="fastq_trim_single.sh ${i}" \
; done

生成名称中带有 $i 的输出文件：$i.eo68065。可以做我想做的事吗？

注意：理想情况下，我想使用basename $i而不是$i输出文件名。

答案1

不确定这是否适合您的用例，但您是否考虑过使用作业数组？使用作业数组时，变量SLURM_ARRAY_TASK_ID将被分配给作业数组的当前索引，您可以在--error和--output命令中使用该索引。

以下是一些有用的示例：https://slurm.schedmd.com/job_array.html

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