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如何从bash脚本中的文件列表中输入多个文件

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如何从bash脚本中的文件列表中输入多个文件

我有一个文件列表，bam_files.txt其中如下所示：

/home/test/2cells_2_trim.bam
/home/test/6h_1_trim.bam
/home/test/2cells_1_trim.bam
/home/test/6h_2_trim.bam

我想做这样的事情：

cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf test/*.bam

但在从目录读取文件bam_files.txt而不是直接从目录读取文件时（如上所示）。

我想用同一个命令一起读取所有文件。

有人可以帮忙吗？多谢。感谢你的帮助。

答案1

您可以读bam_files.txt入一个数组，然后使用该数组作为参数cuffnorm：

mapfile -t bam_files < bam_files.txt
cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf "${bam_files[@]}"

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