答案1
在 Ubuntu（任何 Linux 发行版）上，我推荐的最佳软件是期刊。与许多 OSS 一样，您的里程和稳定性可能会有所不同，但您始终可以为代码做出贡献以使其正确！
查看手册中的这一特定部分有关如何注释 PDF 的说明。
我刚刚检查过，xournal 是包装精确。太棒了！安装简单。
答案2
这取决于您使用的软件。 福昕阅读器允许您通过“评论 -> 绘图..”来执行此操作。
通过评论，它还有许多其他功能，引用了 Foxit 网站的内容：
注释是一种书面记录，用于解释、说明或陈述事实或观点，尤其是表达个人反应或态度的评论。您可以使用福祉阅读器注释工具在阅读的 PDF 文件上键入文本消息或添加线条、圆圈或其他形状来发表评论。大多数类型的注释都包含一个弹出窗口，其中显示您的姓名、创建注释的日期和时间以及文本消息。您还可以轻松编辑、回复、删除和移动注释。如果您需要在 PDF 文档上做一些笔记，此功能对您的学习和工作非常有帮助。福祉阅读器具有以下注释工具：注释、注释注释、拼写检查器、文本标记、文本选择工具、绘图标记、打字机工具、添加文本框或标注和查看注释。
答案3
现在您实际上可以在 Okular 中将注释导出到 PDF（直到最近这才成为可能）：http://docs.kde.org/stable/en/kdegraphics/okular/annotations.html
Okular 似乎必须使用 Poppler 至少 0.20 版本构建。它适用于 Ubuntu 13.04。
答案4
我制作了一个使用 Inkscape 注释 PDF 的工具。它本质上是 qpdf 和 Inkscape 之间的 GUI 粘合剂，可以很容易地执行 Adobe Acrobat 所做的事情。